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Tag   Real Time Pcr    analisi statistica  Aggiungi Tag

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DavidDarwin
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 01 maggio 2015 : 19:02:36  Mostra Profilo Invia a DavidDarwin un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prima di tutto grande saluto a tutta la community,

Spero mi possiate aiutare, ho diversi dubbi su come eseguire un test statistico su dati di real-time PCR.

Ammettiamo di avere 5 animali di controllo e 5 trattati.
Per ognuno di essi calcolo il dCT (quindi 5 dCT trattati e 5 dCT controllo), mi calcolo le medie dei dCT e con queste ricavo il ddCT, infine calcolo l'esponenziale.

Quale test statistico di significatività dovrei usare in caso? La mia opinione è che usare il T-test per così pochi animali sia poco attendibile.

Tuttavia se volessi calcolare un T-test, su quale dato dovrei calcolarlo? Dal mio punto di vista direi ricavarlo dai dCT perchè sono valori normalizzati e sono 5 valori per trattamento sperimentale.
Mentre se volessi calcolarlo sul ddCT avrei solo 1 valore per trattamento.
Cosa sbaglio a considerare?

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2015 : 20:16:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Calcoli:

- DCt = Ct(gene di interesse) - Ct(gene di riferimento) <- nota che è meglio avere almeno 3 geni hk, di cui fai la medi

Avrai quindi 10 DCt (5 controlli e 5 trattati)

Calcoli il DCt medio (chiamiamolo DCt*) dei controlli e calcoli il DDCt per ogni campione (anche i controlli)

- DDCt = DCt(campione x) - DCt*

Avrai quindi 10 DDCt (5 controlli e 5 trattati).

Ora puoi far un t-test su questi valori, sapendo che con 5 campioni la potenza del test sarà piuttosto bassa (ma se l'effetto è grande 5 campioni possono essere sufficienti).


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DavidDarwin
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 04 maggio 2015 : 12:31:05  Mostra Profilo Invia a DavidDarwin un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie della risposta, decisamente mi sembra sensato.

E quale sarebbe il test più opportuno da eseguire in caso di numeri così piccoli?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 04 maggio 2015 : 19:24:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sinceramente non credo ci sia un test adatto... la cosa corretta secondo me sarebbe fare un t-test e riportare la potenza del test (calcolata post-hoc).

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Glubus
Utente Junior

pinolo



156 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2015 : 08:57:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Glubus Invia a Glubus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Sinceramente non credo ci sia un test adatto... la cosa corretta secondo me sarebbe fare un t-test e riportare la potenza del test (calcolata post-hoc).



Scusate l'intervento pedante ma il calcolo della potenza "osservata" è un argomento piuttosto controverso e si basa su alcune concezioni sbagliate (la prima è che assume che i parametri di popolazione siano noti), guarda ad esempio Hoenig, John M., and Dennis M. Heisey. "The abuse of power." The American Statistician 55.1 (2001). (che puoi scaricare qui http://www.tc.umn.edu/~alonso/Hoenig_AmericanStat_2001.pdf).

Seppure un simile calcolo possa esser utile nella ridefinizione di una dimensione campionaria "futura" (nella ripetizine dell'esperimento) è in genere consigliato ricorrere agli intervalli di confidenza (per la differenza delle medie ad esepio) per ottenere una rappresentazione della precisione delle stime, con le usuali cautele nella interpretazione sulla colloczione del vero, insservato, parametro di ineteresse.

GB
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2015 : 12:22:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Interessante paper Glubus, ma usando gli intervalli di confidenza il problema di avere un sample size così piccolo non si pone ugualmente (chiedo venia se è spiegato nel paper, ho solo dato uno sguardo veloce per il momento ma mi sembra che si parli comunque di n sufficientemente grandi)?

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Glubus
Utente Junior

pinolo



156 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2015 : 12:34:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Glubus Invia a Glubus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Interessante paper Glubus, ma usando gli intervalli di confidenza il problema di avere un sample size così piccolo non si pone ugualmente (chiedo venia se è spiegato nel paper, ho solo dato uno sguardo veloce per il momento ma mi sembra che si parli comunque di n sufficientemente grandi)?


Si certo, ma nulla al mondo se non nuovi dati (o una qualche forma di minore incertezza relativamente alla distribuzione del parametro di interesse) potrà risolvere il problema.
GB
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2015 : 22:05:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Adoro queste discussioni!!!

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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