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ronnqvist
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
 Inserito il - 03 luglio 2011 : 18:53:51
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presupponendo questo:
Immaginiamo di avere un gene di malattia, di cui conosciamo l’esistenza ma non la sua esatta localizzazione nel genoma; se questo fosse vicino a un marcatore (di cui conosciamo la posizione su un particolare cromosoma), allora le due sequenze tenderebbero a segregare insieme in una particolare famiglia (tutti i soggetti affetti dalla malattia presentano nel DNA quello specifico marcatore). Mediante questa analisi di linkage risulta perciò possible assegnare il gene malattia ignoto a uno specifico cromosoma, in virtù della sua co-segregazione con un altro locus (marcatore) sullo stesso cromosoma e seguire la sua trasmissione alle varie generazioni di una particolare famiglia.
1)come faccio a determinare che un gene malattia è vicino a un marcatore? come faccio a dirlo? con che strumenti me ne accorgo?
2)il senso generale dell'analisi è capire su quale cromosoma e dove si trova il gene malattia, no? Sapendo dove sta il marcatore, capisco piu o meno dove sta il gene mutato che mi dà il fenotipo malato... giusto?
grazie :)
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2011 : 01:16:19
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Citazione:
Messaggio inserito da ronnqvist
presupponendo questo:
Immaginiamo di avere un gene di malattia, di cui conosciamo l’esistenza ma non la sua esatta localizzazione nel genoma; se questo fosse vicino a un marcatore (di cui conosciamo la posizione su un particolare cromosoma), allora le due sequenze tenderebbero a segregare insieme in una particolare famiglia (tutti i soggetti affetti dalla malattia presentano nel DNA quello specifico marcatore). Mediante questa analisi di linkage risulta perciò possible assegnare il gene malattia ignoto a uno specifico cromosoma, in virtù della sua co-segregazione con un altro locus (marcatore) sullo stesso cromosoma e seguire la sua trasmissione alle varie generazioni di una particolare famiglia.
1)come faccio a determinare che un gene malattia è vicino a un marcatore? come faccio a dirlo? con che strumenti me ne accorgo?
grazie :)
E' un discorso abbastanza complesso e quest'è un'ora sciagurata per affrontarlo, ma tant'è.
In un'analisi di linkage per mappare il locus di una malattia monogenica si determina innanzitutto se la patologia ha effettivamente una causa genetica (banale all'apparenza, ma necessario), di norma con studi su singole famiglie, attraverso confronti tra gemelli omo- ed eterozigoti e all'interno di una popolazione. Da queste analisi si tenta di determinare inoltre la modalità di ereditarietà del carattere ed altre eventuali informazioni come la sua penetranza.
Superato questo primo scoglio, è necessario disporre di una serie di marcatori, il più vicini l'uno all'altro (non più di 10-20 cM mi pare) ed equamente distribuiti sul genoma. In questo modo si avrà una mappa con un buon grado di risoluzione.
Affinché il marcatore sia informativo è altresì richiesto che esso sia il più polimorfico possibile. Informativo in quale senso? Nel senso che in linea teorica dovrebbe essere così polimorfico da rendere sempre possibile l'accertamento di quale dei due genitori abbia trasmesso alla prole un certo allele-marcatore.
Si procede quindi con una serie di analisi statistiche su famiglie in cui il carattere patologico si è manifestato e procede alla determinazione del genotipo di ciascun marcatore per ciascun membro dell'albero genealogico, che va assolutamente ricostruito, e il fenotipo, sano o malato di ogni appartenente al campione di indagine. Si cerca così una correlazione statistica tra la presenza di un certo marcatore e la manifestazione della malattia. In particolare si tenta di calcolare qual è la probabilità che quel determinato marcatore che ritorna più e più volte negli individui malati sia ereditato in associazione con il locus coinvolto nell'eziologia della malattia contro la probabilità che i dati osservati siano dovuti al mero caso (il calcolo del Lod-Score).
Ovviamente l'analisi è estesa al maggior numero di famiglie possibili e le cose sono ancora più complesse di quanto brevemente esposto.
Per un possibile approccio a questo campo, prova a consultare questo indirizzo, spero ti possa servire: www.cs.technion.ac.il/~cs236608/ExclusionMapping.pps
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So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Ho un dubbio sulle mappe linkage
