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almita
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
 Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:07:07
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a molti può sembrare una domanda banale ma io il perchè la DNA polimerasi va in direzione 5' ->3' non lo saprei :(
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:14:22
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La risposta più semplice, e penso anche quella più giusta in questi casi, è semplicemente: "Perché non può funzionare altrimenti"
Si tratta sempre di relazionare la struttura della "cosa" (in questo caso un enzima) alla sua funzione. Fondamentalmente per funzionare la polimerasi ha bisogno di un 3'-OH libero, gruppo funzionale che trova solo seguendo il verso 5'-3' (detto in maniera spicciola).
E' un enzima che si è evoluto così...magari poteva anche seguire altre strade o strategie di catalisi in un altro mondo  |
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:15:45
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perkè sfrutta l'attacco chimico che il 5'PO4 può fare sul 3'OH con la liberazione di una molecola d'acqua. così facendo ci sarà nuovamente un 3'OH libero per l'attacco del 5'PO4 del secondo nucleotide. inoltre questo consente all enzima di saggiare anke a livello sterico la correttezza della sintesi del filamento, orientando la progressione sempre nella stessa direzione.
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:17:07
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| ...si libera anke pirofosfato sorry... |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 16:32:11
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| Sono pressoché sicuro che questa sia solo parte della ragione, pero' al momento non mi sovviene la parte mancante. E' un remoto ricordo di 5 anni fa, mi pare avesse a che fare con l'attività di proofreading. Riflettendoci un attimo ci si potrebbe pure arrivare credo, vediamo se trovo tempo e voglia... |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 18:28:30
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Indubbiamente la motivazione principale è quella dell'attacco nucleofilo, che come insegna la Chimica Organica, parte da un sito elettron-ricco (ossigeno del 3'-OH) per colpire uno elettrofilo (il fosforo del gruppo fosfato al 5' dell'altro nucleotide).
Magari prova a disegnarla. E ricorda quali son i prodotti della reazione della polimerasi. Oltre allo strand elongato, che prodotto "di scarto" ottieni? Perché è importante che ci sia questo prodotto di scarto?
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Son scettico circa il proofreading, concettualmente potrebbe filare il ragionamento del "se la polimerasi sintetizza in avanti, il proofreading va all'indietro" - la prima 5'->3', il secondo 3'->5'.
Però la Dna Pol I procariotica ha duplice direzionalità esonucleasica, eppure l'attività polimerasica è sempre la solita, unica e sola 5'->3'.
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Se vi sovviene qualcosa d'altro in mente, fatemi sapere che son curioso. |
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Dr Lopez
Utente Junior
141 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 18:44:33
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| La motivazione è semplicissima... Sta tutta nell'attività proofreading... Prova ad immaginare per assurdo una Polimerasi che catalizzi una reazione in cui il 3'OH del nucleotide entrante vada ad attaccare il 5'PPP della catena in crescita. Tutto bene... Si libera anche in questo caso Pirofosfato, che fa spostare molto in negativo in DeltaG' di reazione, duqnue c'è a disposizione l'energia necessaria per la prosecuzione della reazione. Ma se per caso fosse inserito un nucleotide errato, allora sarebbero guai... La polimerizzazione non può continuare in quanto il 3'OH del nucleotide entrante non sarebbe in grado di attaccare l'estremità 5'P ( e non più 5'PPP!!!!) formatasi in seguito al proofreading. Non sarebbe prodotto pirofosfato, che non sarebbe scisso in 2 fosfati, e dunque mancherebbe k'energia necessaria per la prosecuzione della polimerizzazione... Spero di essere stato chiaro... CIAO! |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 18:59:45
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| Ecco, questo è cio' che lessi nell'Alberts anni fa... |
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 19:05:19
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Uh, in effetti il ragionamento fila che è una meraviglia!
Quindi il meccanismo-fake illustrato da Lopez, in linea teorica, sarebbe stato "selezionato negativamente"? |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2012 : 19:23:43
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Mi stavo giusto chiedendo cosa fosse successo durante l'evoluzione...
Le prime DNA pol avevano attivitià di proofreading? Questa spiegazione lascerebbe supporre di si...
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doraemon
Nuovo Arrivato
37 Messaggi |
 Inserito il - 05 dicembre 2020 : 17:43:16
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 Scritto da MolecularLab Mobile
Riesumo questa conversazione: sapreste dirmi allora come mai anche la RNA polimerasi, che non ha attività di proofreading, segue la stessa direzione per la sintesi di RNA? |
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Discussione |
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perchè la DNA polimerasi va in direzione 5'->3'????
