Ruolo degli ioni Magnesio nelle reazioni di polimerizzazione

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masna
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74 Messaggi

Inserito il - 23 luglio 2012 : 15:43:07

Come da titolo, non ho ben capito come fanno ad aiutare la catalisi gli ioni Mg2+.
A quanto uno interagisce col P in alfa del nucleotide trifosfato che deve essere aggiunto, e fin qui ci siamo, perch� attirando l'ossigeno, � chiaro che possa favorire la reazione.
L'altro, dovrebbe interagire col 3'OH del primer, ma qui non capisco molto, perch� l'OH dovrebbe effettuare un attacco nucleofilo, per cui in che modo uno ione positivo pu� aiutare?

soumabio
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78 Messaggi

Inserito il - 23 luglio 2012 : 16:50:03

la concentrazione degli ioni ha due ruoli: da un lato � un cofattore
essenziale per la Taq DNA polimerasi per il caricamento dei nucleotidi,
dall�altro la concentrazione di Mg2+ influenza l�appaiamento dei
primer allo stampo. Maggiore � la concentrazione di MgCl2 minore � la
specificit� dell�appaiamento. La variazione delle concentrazioni di MgCl2 gioca quindi un ruolo simile (ma opposto) a quello della temperatura di annealing e spesso la messa a punto di un�elevata (o bassa) stringenza(specificit�) nella PCR � basata tanto sulla Ta quanto sulla concentrazione di MgCl2.