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Lorydd
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17 Messaggi
Inserito il - 23 settembre 2012 : 12:48:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Lorydd Invia a Lorydd un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buongiorno a tutti!!
Sto mettendo a punto alcuni protocolli diagnostici tramite HRM. Ho disegnato i primer che mi servono per analizzare le sequenze maggiormente mutate. Conoscete un tool (possibilmente free) per simulare le curve? Ho trovato uMelt ma non ottengo lo stesso risultato del mio esperimento..help!!!

Lorydd
Nuovo Arrivato



17 Messaggi
Inserito il - 25 settembre 2012 : 15:46:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Lorydd Invia a Lorydd un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Nessuno mi aiuta????
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eimi
Nuovo Arrivato

tramonto

Città: Modena


5 Messaggi
Inserito il - 28 settembre 2012 : 14:00:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di eimi Invia a eimi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
hai provato con MeltSim (http://www.bioinformatics.org/meltsim/wiki/Main/MeltSimWin) o POLAND (http://www.biophys.uni-duesseldorf.de/local/POLAND/poland.html)? Anche se c'è un articolo che in un certo senso rileva la possibilità che ci siano differenze tra le curve sperimentali e quelle create tramite algoritmi (questo è il link per l'articolo http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-8-107.pdf)
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Lorydd
Nuovo Arrivato



17 Messaggi
Inserito il - 28 settembre 2012 : 19:14:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Lorydd Invia a Lorydd un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Si, avevo provato. In effetti le curve con la semplice Melt risultano diverse. Io però ho bisogno di un simulatore di HRM, è una tecnica molto più sensibile della melt perchè con l'HRM le differenze minime tra due ampliconi (come SNPs) sono molto più apprezzabili!

Citazione:
Messaggio inserito da eimi

Ciao,
hai provato con MeltSim (http://www.bioinformatics.org/meltsim/wiki/Main/MeltSimWin) o POLAND (http://www.biophys.uni-duesseldorf.de/local/POLAND/poland.html)? Anche se c'è un articolo che in un certo senso rileva la possibilità che ci siano differenze tra le curve sperimentali e quelle create tramite algoritmi (questo è il link per l'articolo http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-8-107.pdf)
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