Citazione:

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1)Un incrocio AA BB per aa bb da una F1 con fenotipo AB; i seguenti numeri sono stati ottenuti nella F2:
AB 110;Ab 16;aB 19;ab 15. Totale 160
I geni a e b sono concatenati o indipendenti?Quali numeri sarebbero attesi alla F2 nel secondo caso?

- Io: i geni sono concatenati dato che se fossero indipendenti il rapporto fenotipico sarebbe stato 1:1:1:1 e cioè ipoteticamente 40 individui circa per ciascun gene AB-Ab-aB-ab.

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Citazione:

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Una pianta di granoturco tripla eterozigote viene reincrociata con l'omozigote recessivo. I fenotipi delle progenie sono:
+ + + = 455
a b c = 470
+ b c = 35
a + + = 33
+ + c = 37
a b + = 35
+ b + = 460
a + c = 475
Indicate l'ordine dei geni e la distanza di Mappa.

Risp: Io ho fatto così:
- L'incrocio sarebbe +a +b +c x aa bb cc
- Osservando i dati posso dire che siamo nel caso dei due geno associati e uno indipendente (giusto?).
- Confronto i parentali vs ricombinanti
+ + + 455 -- + b c 35
a b c 470 -- a + + 33
+ b + 460 -- + + c 37
a + c 475 -- a b + 35

Direi che il gene associato è AC e B indipendente. Calcolo la distanza di mappa facendo la somma dei ricombinanti diviso il totale degli individui(35+33+37+35/2000= 0,07-> 7cM). Tutto questo mi porterebbe a dire che la mappa sarebbe A-C-B di cui ac=7cM cb=93.
Sbagliato in pieno vero?.

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+  +  +  = 169
b  +  +  =  19
b  hk +  = 301
+  dp hk =  21
hk +  +  =   8
hk dp b  = 172
b  dp +  =   6
dp +  +  = 305

Citazione:

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2)Vediamo se ho capito: Per provare l'associazione tra geni, ipotizzi che "a-c" siano accociati. Hai fatto tutti i calcoli tra loro, parentali (a+c+/ac) e ricombinanti (a+c e ac+). L'ipotesi è diventata certezza vedendo i risultati. Quei ricombinanti (72 e 68) ottenuti li dividi per il numero totale e ottieni la distanza di mappa di 7 Cm. Questa distanza è A-C quindi? Se si quindi il resto (C-B) è 93 cM? (come ho detto precedemente anche se con passaggi di calcolo diversi).

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Citazione:

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Sempre se posso chidere, a tal proposito di questa tipologia di esercizio, c'è una cosa che non ho ben capito e che magari mi puoi aiutare a comprendere:
ti faccio questo esempio:
Devi calcolare la distanza di mappa e hai 3 caratteri:
black=b / hooked=hk / dumpy=dp

I dati delle progenie sono:
+ + + =169
b + + = 19
b hk + = 301
+ dp hk = 21
hk + + = 8
hk dp b = 172
b dp + = 6
dp + + = 305

Grazie ai vari esercizi in questo sito ho imparato a calcolare l'ordine dei geni (in questo caso è b). Quello che non ho capito è come si calcola la distanza tra dp-b e b-hk, cioè più specificatamente, perchè per b-hk prendo 12+19 e b-dp 169+172?? da dove si capisce che quel ricombinante è per uno o per l'altro tipo?

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hk b dp+
X
hk+ b+ dp

Citazione:

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Invece in un altro esercizio dove i ricombinanti singoli I sono p+ j r =52 e p j+ r+ =46 e ricombinanti singoli II sono p+ j+ r =22 e p j r+ =22 , se voglio calcolare la distanza tra pj e jr lo capisco, perchè vedo che nei primi 2(p+ j r e p j+r+), p e j fanno crossing over e quindi sono loro che prendo per calcolare pj. Stesso ragionamento per jr. Detto ciò... sbaglio a ragionare così o sono cieco??

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A  7cM   C   30cM     D     40cM         B
-------------------------------------------

Citazione:

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In questo caso sono bloccato perchè non riesco a capire come iniziare, l'unica cosa che mi viene da dire è che posso calcolare la frequenza di ognuno, sapendo così la distanza di mappa di ciascun carattere ma non sono sicuro che neanche questa possa servire

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Citazione:

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Ricordate che la determinazione per le distanze brevi è più accurata rispetto a quella per le distanze lunghe

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b  +  +  =  19
b  hk +  = 301

+  b  +  =  19
hk b  +  = 301

Citazione:

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Messaggio inserito da GFPina

Infine per l'ultimo esercizio che hai messo, anche io come J. non capisco bene quale sia il tuo dubbio! Perchè in un caso riesci a capire quali sono i singoli ricombinanti e nell'altro no? Sono praticamente identici. L'unica differenza che vedo è che nel primo esempio i geni non sono scritti in ordine mentre nel secondo sì, magari è quello che ti confonde, ma è presto risolvibile, una volta identificato l'ordine dei geni basta che ti riscrivi tutte le classi con quell'ordine!
Ad es. nel tuo caso l'ordine dei geni è: hk b dp
scrivi tutte le classi in modo che rispettino questo ordine, quindi ad es.

b  +  +  =  19
b  hk +  = 301

diventano:

+  b  +  =  19
hk b  +  = 301

ecc.

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Citazione:

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Il mio dubbio è: perchè per la distanza "b-hk" prendo hk+ b dp+ e hk b+ dp (12+19) e per "b-dp" prendo + + + ,hk dp b (169+172) ?? Cioè (ed è quello che non ho specificato inizialmente), perchè per "b-hk" non prendo + + + ,hk dp b e per "b-dp" hk+ b dp+ e hk b+ dp???

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Citazione:

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Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

Citazione:

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Il mio dubbio è: perchè per la distanza "b-hk" prendo hk+ b dp+ e hk b+ dp (12+19) e per "b-dp" prendo + + + ,hk dp b (169+172) ?? Cioè (ed è quello che non ho specificato inizialmente), perchè per "b-hk" non prendo + + + ,hk dp b e per "b-dp" hk+ b dp+ e hk b+ dp???

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Penso di aver capito il tuo dubbio. Penso ! Il fatto è che per determinare le distanze tra i geni li devi prima ordinare! Non a caso la prima cosa che si fa in questi esercizietti è proprio l'individuazione del gene centrale. Scrivere a b c o a c b non è la stessa cosa. In a b c il gene centrale è b, in a c b il gene centrale è c. Quindi, quando devi determinare una distanza devi considerare la triade ordinata altrimenti non potresti determinare in modo esatto dove e tra quali loci avviene crossing over. Per questo prendi hk+ b dp+ e non b hk+ dp+: nel primo caso sono ordinati, nel secondo no. O meglio, nel primo caso sono ordinati rispetto a b, gene centrale.

Non so se è chiaro. Speriamo!

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Citazione:

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Quale coppia di geni uso per determinare dp-b? Perchè uso quella coppia e non l'altra?
Io arrivato qui ho l'unica certezza che una coppia di ricombinanti è quella con progenie 19 e 21 e l'altra 169 e 172. Ma non capisco quale meccanismo mi porta a scegliere l'una o l'altra per determinare b-dp e b-hk.

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hk b dp+ 
X
hk+ b+ dp

hk+ b dp+

hk b+ dp

Citazione:

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Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

Gli individui hk b+ dp sono 21, quelli hk+ b dp+ sono 19: scegli questa coppia di geni per calcolarti la distanza tra hk-b perchè qui si ha ricombinazione tra i loci. La distanza di mappa, negli incroci a 3, la calcoli in funzione dell'ordine dei geni. Non è una cosa così scontata. Scusami se ancora non centro il punto.. ma faccio fatica a capire qual è il tuo dubbio.

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  Genotipo        --    Progenie tot.     --    N°ricombinanti
black curved      -      62679            -       14237
black porpora     -      48931            -        3026
black speck       -        685            -         326 
black vestigial   -      20153            -        3578
curved porpora    -      51136            -       10205
curved speck      -      10042            -        3037
curved vestigial  -       1720            -         141
porpora speck     -      11985            -        5474
porpora vestigial -      13601            -        1609
speck vestigial           2054                      738

Porpora     Black    Speck   vestigiali  curved
|--------|--------|---------|-----------|--------|

Citazione:

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Messaggio inserito da dangerdani89

Io ho fatto così:
Ho fatto le somma di tutti i dati "progenie totali" e mi viene 222986. Ho preso un fenotipo per volta (black curved, black porpora ecc) e sempre uno ad uno ho fatto: ricombinanti/ n°tot (222986).
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Citazione:

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Messaggio inserito da GFPina

Citazione:

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Messaggio inserito da dangerdani89

Io ho fatto così:
Ho fatto le somma di tutti i dati "progenie totali" e mi viene 222986. Ho preso un fenotipo per volta (black curved, black porpora ecc) e sempre uno ad uno ho fatto: ricombinanti/ n°tot (222986).
...

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Ma no, perché hai sommato tutta la progenie?
Hai già i ricombinanti e il totale della progenie per ogni incrocio e da lì di calcoli tutte le frequenze di ricombinazione e le distanze, se metti tutto insieme fai un calderone che non ha senso!

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Citazione:

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Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

Citazione:

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Quale coppia di geni uso per determinare dp-b? Perchè uso quella coppia e non l'altra?
Io arrivato qui ho l'unica certezza che una coppia di ricombinanti è quella con progenie 19 e 21 e l'altra 169 e 172. Ma non capisco quale meccanismo mi porta a scegliere l'una o l'altra per determinare b-dp e b-hk.

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Che vuol dire che usi una coppia di geni e non un'altra? Sia io che GFPina ti abbiamo già risposto a questa domanda. Per calcolare la distanza tra due geni devi andare a guardare qual è la probabilità che essi ricombinino. La probabilità che due geni ricombinino è funzione della distanza di mappa. A questo ci siamo, no? Tu hai ordinato i geni e hai stabilito che b è quello centrale. Ai lati di b hai hk e dp. Per calcolarti la distanza tra hk e b devi andare a guardare quali sono i cromosomi in cui i loci hk e b ricombinano e usi la frequenza di queste classi per calcolarti la distanza di mappa. Se l'ordine dei geni è hk b dp, i parentali sono hk b dp+ e hk+ b+ dp, i ricombinanti tra hk e b sono (ti ridisegno il crossing over):

hk b dp+ 
X
hk+ b+ dp

hk+ b dp+

hk b+ dp

Gli individui hk b+ dp sono 21, quelli hk+ b dp+ sono 19: scegli questa coppia di geni per calcolarti la distanza tra hk-b perchè qui si ha ricombinazione tra i loci. La distanza di mappa, negli incroci a 3, la calcoli in funzione dell'ordine dei geni. Non è una cosa così scontata. Scusami se ancora non centro il punto.. ma faccio fatica a capire qual è il tuo dubbio.

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Citazione:

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Messaggio inserito da GFPina

Noooo hai sbagliato ancora! Hai invertito le classi dei singoli ricombinanti.
Però facciamo una cosa, anziché provare ancora noi a spiegarti come capire quali sono i singoli ricombinanti, prova a spiegarci tu che ragionamento fai, almeno cerchiamo di capire dove sbagli.
Una volta individuato il gene centrale e riordinati o geni, come fai a "decidere" quali sono i ricombinanti in prima regione e quali quelli in seconda?

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Citazione:

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In questo caso vedendo i parentali essere:

wx + c
+ sh +

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wx sh+ c
X
wx+ sh c+

wx+ sh+ c --> 626

wx sh c+ --> 601

wx sh+ c
       X
wx+ sh c+

wx sh+ c+--> 116

wx+ sh c--> 113

Citazione:

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Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

Sto perdendo colpi

Comunque, non so perchè ma non riesco a seguirti!

Citazione:

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In questo caso vedendo i parentali essere:

wx + c
+ sh +

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Parti dai parentali, va benissimo. Una volta che hai stabilito che l'ordine dei geni è wc sh c, restando fermo sui parentali, prova tutti i possibili crossing over.

Per essere "chiari": I regione sarebbe wx e II regione c, mentre sh sta al centro. Quindi quando si parla di regione I o regione II intendi quei loci specifici. Vuoi sapere quali sono i ricombinanti in regione I, quindi quando wx e wx+ ricombinano.

wx sh+ c 1 parentale
wx+ sh c+ 2 parentale

Crossing over:

wx sh+ c
X
wx+ sh c+

Ottieni:

wx+ sh+ c --> 626

wx sh c+ --> 601

Vuoi conoscere i ricombinanti in II regione, quindi tra c e c+: fai la stessa cosa. Disegni i parentali e il crossing over.

wx sh+ c
       X
wx+ sh c+

Ottieni:

wx sh+ c+--> 116

wx+ sh c--> 113

Cosa non è chiaro?

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