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lunarella
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
 Inserito il - 30 novembre 2012 : 09:24:56
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ragazzi sto studiando il meccanismo dell'AS/NMD...mediante intron retention.. qualcuno sarebbe cosi gentile da spiegarmi bene perché alcuni trascritti di spicing alternativo contenenti introni trattenuti non riconoscono il macchinario dell'NMD..soprattutto il alcune piante e in alcuni mammifer???...
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lunarella
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2012 : 11:42:36
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| ragazzi sareste cosi gentili da rispondermi... è importante. |
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Scrambled
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2012 : 17:35:43
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ciao,
io so che alcuni non vengono riconosciuti se lo stop codon è all'interno delle 50bp dalla giunzione esone/introne; o se è nell'ultimo esone.
il perchè non lo so.... ti passo magari qualche articolo da pubmed, tu li puoi leggere? o ti passo i pdf?
ciao spero di esserti utile :) |
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Scrambled
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2012 : 18:39:43
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Lascio il primo articolo perchè è gratuitamente disponibile, ma devo togliere l'altro PDF.
(potete sempre usare i messaggi privati) |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2012 : 21:55:05
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Cerco di rispondere in breve alla tua domanda, NMD (nonsene-mediated mRNA decay),questo è un meccanismo che inizialmente si pensava essere coinvolto solo nella degradazione di trascritti aberranti, cioe' trascritti contententi codoni di stop prematuri al fine di evitare la formazione di proteine tronche potenzialmente tossiche per la cellula e per evitare un dispendio di energia inutile. Successivamente è stato visto che questo sistema funziona anche come controllo nella regolazione dell'espressione genica. La prima proteina che si e' visto essere regolata mediante NMD è SC35 che è anche un fattore di splicing e regola se stessa mediante un meccanismo chiamato RUST (Regulated Unproductive Splicing and Translation).
Una delle regole dell NMD ( nei mammiferi e nelle piante, diverso da lieviti ed insetti ) è che affinchè ci sia degradazione del trascritto è necessario che il codone di stop si trovi 50-55 nt dall ultima giunzione esone-esone.
Questo perche' dopo lo splicing a livello della giunzione esone-esone viene depositato un complesso proteico noto come EJC (exon junction complex) che viene "scalciato" in un normale trascritto dal ribosoma. Se lo stop, in questo caso PTC(premature termination codon) si trova ad una distanza di almeno 50-55 nt o piu' a monte , il ribosoma si blocca e vengono aggiunte altre proteine su questo complesso che degradano il trascritto.
Per rispondere alla tua domanda, se i trascritti trattengono l'introne, non verrà depositato EJC e quindi non verrà attivata la degradazione del trascritto.
Immagine:
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La madre dall'NMD si chiama Lynne E. Maquat ed ho avuto il piacere di avere un Lunch con lei circa un mese fa :D
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lunarella
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
Inserito il - 03 dicembre 2012 : 09:26:18
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| ti ringrazio per la risposta... anchese io volevo sapere se i trascritti contenenti introni trattenuti e non sensibili all' NMD potevano avere una funzioni di regolazione nelle piante o in alcuni mammiferi?. |
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Discussione |
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(NMD) introni trattenuti
Didattica
Nonsense-mediated mRNA decay modulates.pdf
