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kiki
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 Inserito il - 20 ottobre 2007 : 18:11:20
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Ciao a tutti!Ho bisogno di un aiutino ..sapete per caso dirmi che differenza c'è tra lod score e lod score massimo? Cosa vuol dire quando è scritto che è stato calcolato il massimo lod score?
Il secondo dubbio che ho è: la differenza tra linkage e linkage disequilibrium e che il primo significa che due loci sono ralm vicini da risultare associati e quindi hanno un alta probabilità di essere trasmessi insieme, mentre nel caso di link disequilibrium significa che i loci sono associati e sn trasmessi alle generazioni successive con una probabilità maggiore di quanto non è se fosse dovuta al caso?
E' giusto?
Ho trovato questa definizione di inkage disequilibrium: 2 loci sono in linkage disequilibrium se alcuni dei loro alleli tendono ad essere presenti nella popolazione negli stessi aplotipi in proporzioni differenti da quanto atteso. Ma perchè dice ALCUNI dei loro alleli ?Gli alleli nn sn 2 per locus?forse considera anche i loci multiallelici? e nn ho capito cosa intende dire quando dice NEGLI STESSI APLOTIPI
GRAZIE INFINITE!!!!
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valia
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Inserito il - 21 ottobre 2007 : 00:35:00
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Il lod score non e' un valore assoluto, ma una funzione di theta (frequenza di ricombinazione) che va da 0.1 a 0.5. Il valore di theta al quale il lod score raggiunge il valore massimo corrisponde alla miglior stima tra la distanza tra i due loci.
Le definizioni di linkage e linkage disequilibrium sono corrette. La differenza principale e' che c'è linkage se i due loci sono fisicamente vicini. Linkage disequilibrium puo' avvenire invece anche tra loci fisicamente lontani.
http://en.wikipedia.org/wiki/Linkage_disequilibrium
Nella definizione si intente tutti gli alleli di quel determinato gene. Il classico esempio che rende l'idea e' quello del colore degli occhi. C'è l'allele per gli occhi azzurri, neri, marroni, verdi etc.. Ma ognuno di noi chiamramente ha solo 2 alleli! Uno per locus.
Se due loci (A e B) sono in linkage disequilibrium, allora un determinato allele del locus A (tra i molti presenti nella popolazione) sara' molto spesso presente nello stesso aplotipo di un determinato allele del locus B.
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valia
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kiki
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Inserito il - 21 ottobre 2007 : 16:01:14
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ma non ho capito una cosa come fa ad esserci linkage disequilibrium tra loci fisicamente lontani?
Il linkage disequilibrium non è quando 2 loci sono talmente vicini che non ricombinano per cui si creano dei blocchi in diseqilibrium e i 2 loci vengono ereditatiinsieme con una frequenza maggiore di quella che ci si aspetterebbe se non fossero correlati?
GRAZIE ancora! |
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kiki
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97 Messaggi |
Inserito il - 21 ottobre 2007 : 16:04:05
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mi sono dimenticata di una cosa: per quanto riguarda il discorso dello stesso aplotipo.. in teoria un individuo ha più aplotipi?non ne ha uno solo?potresti per favore farmi un esempio di cosa si ntende per stesso aplotipo?
GRAZIE MILLISSIME |
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valia
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Inserito il - 21 ottobre 2007 : 16:48:08
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Linkage disequilibrium puo' essere dovuto a:
- selezione naturale, che favorisce individui con una particolare combinazione di alleli
- linkage equilibrium non e' stato ancora raggiunto, quindi la popolazione non e' ancora all'equilibrio
- random drift in popolazioni piccole
- accoppiamenti non causali: se individui col pelo blu prefesicono accoppiarsi con individui con le orecchie a punta.
Per quanto rigurda la seconda domanda, immagina di avere 3 geni (A, B e C) e che ognuno di loro abbia 4 alleli (1,2,3,4). Ora, diciamo che sequenzi i geni A, B e C in 8 diversi individui della popolazione e hai come risultato questi aplotipi:
---___A___---______B______----__C__--
---___1___---______2______----__2__--
---___1___---______4______----__2__--
---___3___---______2______----__4__--
---___1___---______3______----__2__--
---___1___---______2______----__2__--
---___3___---______4______----__1__--
---___1___---______3______----__2__--
---___1___---______4______----__2__--
Puoi dire che l'allele 1 del gene A e l'allele 2 del gene C sono presenti molto negli stessi aplotipi.
In verita' per un determinato blocco di loci ci sono 2 aplotipi, uno per cromosoma. Quando sequenzi tuttavia non sai in quale cromosoma e' presente un certo allele, per cui per analisi degli aplotipi si usano individui omozigoti!
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Ilaria2191
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Inserito il - 16 gennaio 2013 : 19:22:58
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Vorrei chiedervi una cosa riguardo al LOD score... quando ho un valore di teta crescente e un LOD corrispondente che decresce, cosa devo dedurre? Mi spiego meglio:
Es. In una famiglia sono stati calcolati i seguenti valori di lod-score nell'analisi di linkage di due geni:
ho dei valori di teta che vanno da 0 a 0.5 e dei valori corrispondenti del lod che vanno da meno infinito (corrispondente allo 0)a 0 (con il picco di 5.44 a teta 0,15).
In linea di massima i valori tendono a crescere fino a 0.15 e poi diminuiscono. Questa associazione di valori sempre più piccoli all'aumentare del valore di teta, ha un significato preciso? |
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Lod score
