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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
 Inserito il - 05 marzo 2013 : 12:07:34
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Ciao ragazzi, vi propongo un rapido quesito:
il Cot č il prodotto della concentrazione "C0" di due filamenti di DNA..per il tempo "t" necessario perché si completi la rinaturazione, ossia C0*t.
Che voi sappiate, il Cot č inversamente proporzionale alla grandezza del genoma?
Io penserei di no! Penserei anzi che č direttamente proporzionale, perché piů il genoma č lungo, piů tempo ci vorrŕ per rinaturarsi!
E siccome il tempo di rinaturazione č inversamente proporzionale al Cot.. Mi aspetto che un genoma molto lungo (fatto di moltissime bp) rinaturi piů lentamente e manifesti un cot (e relativo cot1/2) piů grandi.
Vi trovate?
Grazie a chi dovesse prestarmi un po' d'attenzione! :)
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2013 : 12:10:53
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| Aggiungo che faccio riferimento a DNA "uniformi", semplici come quelli di E.coli - non alludo alla situazione particolare di DNA eucariotici che hanno andamenti piů complessi e "composti". |
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0barra1
Utente Senior
Cittŕ: Paris, VIIčme arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2013 : 13:04:33
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Penserei che un genoma piů esteso dia adito ad un piů corposo processo di rinaturazione per "trial and error", sia per le dimensioni della molecola sia per la ridondanza che esso comporta, e percio'possa, come inferisci tu, richiedere un intervallo di tempo superiore.
Ho anche il sentore (o ricordo) che l'argomento sia stato giŕ analizzato in letteratura, forse potrai trovare qualche risposta piů empiricamente solida delle nostre suggestioni.
In caso affermativo, apprezzerei conoscere il responso  |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2013 : 13:49:16
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Grazie, 0/1.. č esattamente quel che pensavo io.
Tra l'altro ho trovato un post del passato (2009) su molecularlab in cui se ne parlava, ma per la veritŕ non si sofferma su questo aspetto.
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Tra l'altro, mi era sopraggiunto un ulteriore dubbio: mica il c0t č una velocitŕ?!
Velocitŕ = metri/secondo. O, in chimica, variaz.concentrazione/secondo.
Qui invece č un PRODOTTO di Concentrazione * il tempo!
Guardate:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=10588
Nella suddetta discussione, l'utente SignorGolgi dice chiaramente che NON č una velocitŕ.
Ora, io qui:
http://faculty.tru.ca/dnelson/courses/biol335/335notes/3recdna/4-hybrization/recDNA3b.html
ho trovato:
Citazione:
Cot1/2 measures the rate of reannealing which is inversely proportional to the concentration of complementary sequences being examined.
"Measures", nel senso che fornisce una stima della velocitŕ. Ma NON č di per sé una velocitŕ!
E' esatto? |
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2013 : 14:10:26
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Tra l'altro, dallo stesso articolo:
Citazione:
The lambda genome consists of 50,000 bp of unique sequence.
The DNA reanneals as a single kinetic component (a single sigmoidal curve)
The midpoint of the curve provides the value for Cot1/2 - the time required for half of the single strands to be in double stranded form at a defined initial DNA concentration.
In contrast to the above example, the E. coli genome consists of 5,000,000 bp of unique sequence.
Again, plotting the % single stranded as a function of Cot, we observe a single sigmoidal curve confirming that the E coli genome reanneals as a single kinetic class.
Notice that the Cot curve has shifted to the right relative to the lambda Cot curve. The increase in Cot1/2 reflects the number of copies of the E coli genome in solution as compared to the lambda genome. Since the E coli genome is 2 orders of magnitude larger than the lambda genome, any given 500 bp fragment will be present at 100 x lower concentration in the E coli genome sample.
..Io capisco (anche guardando le figure in quel link) che il cot 1/2 del fago č piů piccolo: il genoma del fago č piů breve e quindi rinatura prima rispetto a quello di E.coli (piů lungo, e con un cot1/2 superiore). |
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0barra1
Utente Senior
Cittŕ: Paris, VIIčme arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2013 : 15:15:56
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Ora sono davvero imprigionato tra una trasfezione, una sessione di confocola e il disegno di una nuova costruzione per un vettore AAV, ma prometto che stasera verso mezzanotte cerchero' di risponderti  |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 06 marzo 2013 : 16:43:11
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| D'accordo, ti aspetto! :D |
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 08 marzo 2013 : 17:11:30
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Intanto che aspetto °-° pongo un altra domandina.
La quantitŕ di DNA contenuta in una cellula č il valore C, no?
Ebbene, il valore C cambia da cellula a cellula dello stesso organismo? In linea di principio non dovrebbe, essendo un valore C (dove C sta per costante).
Poi come regola ogni cellula dovrebbe sempre avere lo stesso contenuto in coppie di basi, no?
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Chiaramente, in caso di delezioni, duplicazioni, il valore C dovrebbe cambiare.
E forse, anche a seguito di particolari fenomeni connessi ai trasposoni.
Ma per il resto dovrebbe esser costante.
E da cellula a cellula (di uno stesso organismo eucariotico) dovrebbe semmai cambiare il grado ed il tipo di sequenze condensate e non espresse, per regolazione dell'espressione.
Vi trovate? |
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Dubbio sul C0t (detto anche "Cot")
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