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Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2013 : 08:47:43

Avrei dei dubbi riguardo a due esercizi. Chissà, magari qualcno mi può dare una mano.

1- Date le seguenti letture di sequenza da un clone del genoma umano:
ATGCGATCTGTGAGCCGAGTCTTTA
AACAAAAATGTTGTTATTTTTATTTCAGATG
TTCAGATGCGATCTGTGAGCCGAG
TGTCTGCCATTCTTAAAAACAAAAATGT
TGTTATTTTTATTTCAGATGCGA
AACAAAAATGTTGTTATT

Usate queste sei letture di sequenza per creare una sequenza di contig di questa parte del genoma umano.

2- Dal sequenziamento di un genoma di 1000000 bp avete ottenuto 25000 coni usando vettori BAC. Qual è la ridondanza della libreria?

Grazie!

Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 09:41:35

Sono riuscita a risolvere il secondo esercizio, o così credo. In pratica il n° cloni = dim. genoma / dim. inserto e in questo caso trattandosi di vettori BAC(100kb a 300 kb)avremo:

n° cloni = 1000000 pb/ 100 kb = 10000 ( one-fold)

Dato che la libreria contiene 25000 cloni, allora:

ridondanza = 25000 cloni / 10000 cloni = 2,5

Quindi è una libreria 2,5 - fold library.

Possibile questo ragionamento?
Mentre per il primo esercizio vuoto totale.

Geeko
Utente

Città: Milano

1043 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 11:24:47

Nel primo devi semplicemente riordinare le poche reads dell'esercizio usando il metodo dei contig (quindi riordinarle in base alla lor parziale sovrapposizione alle estremità).
Ti lancio un punto da cui partire: ad esempio la seconda read e la penultima condividono un buon tratto d'identità, infatti escluse le ultime tre posizioni della penultima read (CGA) il resto è tutto compreso anche nella seconda read:


2° AACAAAAATGTTGTTATTTTTATTTCAGATG
5°            TGTTATTTTTATTTCAGATGCGA

Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 12:17:41

Ok. Quindi per esempio la seconda ha una buona identità con la sesta perchè

2° AACAAAAATGTTGTTATTTTTATTTCAGATG
6° AACAAAAATGTTGTATT

Tranne che per ATT finale.
Come anche la terza con la quinta, infatti:


              TTCAGATGCGATCTGTGAGCCGAG
        ------TTCAGATGCGA

E poi?
Grazie comunque per la risposta e l'aiuto!

Geeko
Utente

Città: Milano

1043 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 16:56:02

Hai sbagliato a scrivere la sequenza della 6. Ti manca una T alla fine!!! E' "GTTATT" non "GTATT" Le due si sovrappongono. Continua su questa linea e ricorda che man mano che vai avanti le sequenze possono essere completamente sovrapposte alla parte che hai già svolto

Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 18:46:23

Ci sono riuscita!

Grazie mille, i tuoi suggerimenti mi sono stata molti utili. Alla fine non era complesso, sono io che mi perdo in un bicchiere d'acqua! :-)

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