cari amici del forum mi sapreste dire come fa tf2b a determinare la direzione della trascrizione e come TBP possa provocare il piegamento ad angolo del dna. Un grazie anticipato a tutti......
Per quanto riguarda TBP, essa si lega al solco minore del DNA, e per poter "contattare" la sequenza nucleotidica specifica questa interazione porta al piegamento del DNA. Per quanto riguarda TFIIB non ricordo onestamente.
UP alla conversazione! Ragazzi non riesco a capire una cosa. TFIIB interviene per determinare la direzionalità del promotore, in quanto la TBP con TFIID lega la TATAbox in entrambi gli orientamenti (TBP ha un asse diadico). Il materiale del mio prof si contraddice: prima dice che TFIIB lega BRE (B recognition element), che è un sito A MONTE della TATA, poi dice che TFIIB lega il solco maggiore immediatamente A VALLE della TATA. Poi continua dicendo che TFIIB interagisce con entrambe le sue regioni terminali con la regione carbossi-terminale della TBP e con la Pol che deve essere assemblata con il sito catalitico sul nucleotide +1, così da definire l'orientamento. Ho consultato altre fonti e visto qualche video su internet e questi mostrano TFIIB legare a valle. Allora BRE a cosa serve???
Mi sa tanto che la verità sta nel mezzo! In realtà esistono due tipi di elementi BRE con consensus diverse, indicati con BREu (upstream) e con BREd (downstream). Il primo lo trovi appena a monte della TATA-box mentre il secondo appena a valle. Tra l'altro sembra che TFIIB contatti il BREu a livello del solco maggiore, mentre si inserisca nel solco minore quando contatta il BREd.