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neoregulina
Nuovo Arrivato
29 Messaggi |
 Inserito il - 24 maggio 2014 : 14:34:03
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Il mio professore, pur sapendo che non ho esperienza in questo, mi ha chiesto di indicargli tutto ciò che può servire per una PCR qualitativa. Io ho pensato a un kit della Nuclear Laser Medicine per l'estrazione del DNA, ai puntali con filtro, a un set dedicato di pipette per la PCR, al thermoblock, alle eppendorf per la PCR e al kit GoTaqG2HotStart Master Mixes della Promega per la PCR qualitativa.
Devo amplificare i geni che codificano per AKT, mTOR e la proteina di fusione bcr-abl per poi sequenziarli.
So che esistono vari programmi per disegnare i primers e che esistono regole da osservare, ma dato che non sto cercando una regione nello specifico, come posso orientarmi per la scelta della regione target? Tra l'altro se guardo la coding sequence per esempio di Akt1, non trovo scritto da... a... ma join, come se la sequenza fosse frammentata, e poi se devo sequenziare il gene, in realtà al professore interessano anche le sequenza introniche no? Io purtroppo non ho mai pianificato una PCR.
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 24 maggio 2014 : 14:58:00
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Più che un termoblocco per una PCR sarebbe più adeguato un "ThermalCycler".
Poi ce ne sono di mille marche e modelli, quindi vedi tu cosa fa al caso tuo.
Per il resto del materiale, beh anche lì sia di kit di estarazione che di reagenti per PCR (kit o reagenti singoli) ne esistono una marea.
Poi se vuoi vedere anche il risultato della tua PCR ti servirà anche tutto l'occorrente per fare e visualizzare un gel di agarosio.
Per quanto riguarda la sequenza, ovviamente se cerchi la "sequenza codificante" troverai gli esoni (dato che gli introni non codificano!) e quindi trovi "join" tra un esone e l'altro.
Poi non ho idea di cosa sia interessato a sequenziare il tuo professore e soprattutto a cosa gli serva, quindi magari prima di iniziare sarebbe meglio che tu chiarisca questo punto.
Ovviamente anche il frammento che dovreai amplificare (e quindi il disegno dei primers) dipenderà da cosa devi sequenziare. |
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