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Mendel
Nuovo Arrivato

31 Messaggi

Inserito il - 07 novembre 2014 : 17:09:52

Salve, volevo porre una semplice domanda:

quando si vuole amplificare l'esone di un gene con una PCR, perch� si usano primer che legano lo stampo in una posizione molto pi� distante rispetto alla sequenza d'interesse?
Non sarebbe pi� logico usare primer che fiancheggiano esattamente l'inizio e la fine dell'esone che vogliamo amplificare e studiare?

Ci sono ragioni particolari?

midichloria
Nuovo Arrivato

75 Messaggi

Inserito il - 17 novembre 2014 : 11:37:36

Si possono usare primers diversi in base all'uso che si vuole fare dell'esone... Per esempio, se l'interesse � quello di sequenziare l'esone, � meglio costruire primers pi� distanti e non direttamente attaccati all'inizio dell'esone perch� in fase di sequenziamento le prime basi che vengono sequenziate hanno una "risoluzione" molto bassa, quindi � meglio che non sianobasi facenti parte dell'esone di interesse di cui si vuole sapere con precisione la sequenza.
Oppure mi viene in mente il fatto che i siti di splicing per rimuovere gli introni si trovano all'inizio e alla fine di ogni introne (e quindi rispettivamente vicini alla fine e all'inizio degli esoni delimitanti). Se l'interesse � quello di inserire un esone di un gene in un altro gene, il fatto di preservare i siti di splicing degli introni vicini pu� essere importante per il processamento dell'mRNA. Questa comunque � una mia supposizione, non so se ci siano molti esperimenti che prevedono lo spostamento di un esone all'interno di un altro gene, anche perch� ci sono molte altre cose da tenere in conto.