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Limpet
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
83 Messaggi |
 Inserito il - 17 gennaio 2015 : 13:03:21
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Buongiorno,
non sono "una neofita" della Biologia molecolare, ma generalmente lavoro con DNA per il riconoscimento di patogeni biologici (batteri, metazoi, protozoi) nei miei campioni fino all'analisi filogenetica con mega4. All'inizio della mia carriera lavorai con RNA per la ricerca della sequenza della proteina vitellogenina in molluschi, fu molto lungo e complicato. Poi cambiai progetto e quindi lasciai questo tipo di studio. Vorrei però ricominciare perchè ci sono alcune molecole che sono interessata a studiare. Chiedo quindi intanto a questo forum un pò di chiarimenti.
1) perchè se cerco la sequenza di un gene (di cui poi vorrò studiare l'espressione) non posso partire dal DNA e mi conviene estrarre rna (poi cDNA)?
Già questo per me è un buon inizio. se ne partirà una discussione, vi chiederò, piano piano, altro,
grazie, molte
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
 Inserito il - 17 gennaio 2015 : 21:23:47
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 Scritto da MolecularLab Mobile
Puoi benissimo partire dal DNA ma così ti porteresti dietro anche tutte le sequenze introni che che la maggior parte dei geni eucariotici hanno...e non so quanto questo sia un vantaggio per studiare l'espressione della tua proteina d'interesse. |
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Limpet
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
83 Messaggi |
Inserito il - 19 gennaio 2015 : 18:22:11
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Certo, ha senso, mi evito una parte che non trascrive.
A presto con altre domande che mi emergono, intanto grazie per la risposta,
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 19 gennaio 2015 : 19:17:47
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Avrei qualche altra considerazione da fare, ma... non mi è molto chiara la tua domanda!
Citazione:
Messaggio inserito da Limpet
1) perchè se cerco la sequenza di un gene (di cui poi vorrò studiare l'espressione) non posso partire dal DNA e mi conviene estrarre rna (poi cDNA)?
In che senso intendi "studiare l'espressione"?
- vedere quanto un gene è espresso (x es. real-time PCR)
- clonare ed esprimere tu la proteina
le risposte sono un po' diverse!
La risposta di Geeko vale nel secondo caso, anche se non è l'unico motivo. |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 19 gennaio 2015 : 20:05:57
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| Si mi riferivo all'espressione del gene come proteina ricombinante perché Limpet ha parlato di cDNA e di solito si parte proprio dal cDNA per esprimere la proteine in un sistema eterologo. Se vuoi studiarne i livelli di trascritto del gene endogeno gli introni di fatti servono alla corretta espressione del gene stesso. Non capisco a cosa serva il cDNA in quel caso, a meno che tu non voglia usare un microarray per quantificare i livelli di espressione genica in larga scala. |
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Limpet
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
83 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2015 : 11:49:20
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In realtà il mio studio sarà fatto per real-time pcr. Invece voi dite che per studiare i livelli del trascritto servono gli introni? Nel lab a cui mi appoggio, fanno estrazionepartono sempre da cDNA per fare realtime.
grazie per l'aperta discussione |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2015 : 11:53:41
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Sinceramente speravo che la tua risposta fosse che dovevi fare un clonaggio, come ha interpretato anche Geeko, ma mi era venuto il dubbio che invece intendessi lo studio dei "livelli di espressione".
In questo caso, questa domanda non te la dovresti proprio fare!
Dovrebbe bastarti lo studio della basi.
- Che differenza c'è tra DNA e RNA?
- Cos'è e sopratutto a cosa serve la TRASCRIZIONE?
- che differenza c'è a livello di DNA tra una cellula che esprime una determinata proteina e una che invece non la esprime?
- e che differenza c'è invece a livello di RNA?
Ragiona su queste domande e troverai la risposta! |
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Discussione |
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Incominciare a lavorare con RNA/cDNA
Didattica
