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Chaaya
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
 Inserito il - 26 dicembre 2015 : 15:17:47
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Ciao,
sono nuovo quindi scusatemi se ho sbagliato qualcosa.
Ho un esercizio di genetica molecolare di popolazione che non riesco proprio a risolvere:
Devo disegnare un protocollo sperimentale per determinare lo stato di questo polimorfismo ATCCRGCTG (con R che indica che il polimorfismo si trova sul 5'->3' come una G oppure una A). Ho questi enzimi di restrizione a mia disposizione:
PvuII CAG-CTG
GTC-CAG
SacII CCGC-GG
GG-CGCC
BspEI T-CCGGA
AGGCC-T
Grazie in anticipo
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2016 : 11:24:20
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Ciao e benvenuto su MolecularLab!
Qua preferiamo che chi posta un esercizio, metta almeno un minimo di ragionamento e poi si cerca di arrivare assieme alla soluzione.
A te non è venuto in mente proprio niente?
Potresti iniziare a scrivere le due sequenze possibili e poi vedere cosa succede se utilizzi quegli enzimi di restrizione nei due casi. |
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Chaaya
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2016 : 12:23:35
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Si effettivamente senza un ragionamento sembrava che non mi ci fossi neanche messo, in realtà ci ho provato e in effetti ho trovato che PvuIII taglia il SNP con l'adenina. Però mi chiedevo se l'utilizzo di una sola endonucleasi di restrizione non fosse un po' pochino per fare un RFLP.
Un'altro mio dubbio era se dovessi differenziare anche i casi in cui si ha anche C e T (nel SNP,) perchè nel secondo pezzo del problema la consegna mi dice che alla fine del RFLP ho trovato una frequenza di G dell'80% nei soggetti sani(200), mentre nei soggetti malati (20 individui) ho trovato questi genotipi 12 G/G, 1 C/C e 7 G/C. Questa cosa mi ha un po' scombussalato e da li sono nati i miei dubbi infatti facendo i vari genotipi (anche con C e T) non sono riuscito a trovare un enzima che tagliasse una di queste sequenze rispetto all'altra.
Spero di essere stato chiaro qui allego un disegno di quello che ho fatto
Immagine:
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2016 : 16:36:45
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Citazione:
Messaggio inserito da Chaaya
Si effettivamente senza un ragionamento sembrava che non mi ci fossi neanche messo, in realtà ci ho provato e in effetti ho trovato che PvuIII taglia il SNP con l'adenina.
Esatto!
Citazione:
Però mi chiedevo se l'utilizzo di una sola endonucleasi di restrizione non fosse un po' pochino per fare un RFLP.
No, non è pochino! se ne usa una di solito!
Poi puoi analizzare i risultati facendo un Southern Blot con delle sonde che vedano i frammenti come hai scritto tu, oppure prima di tagliare con l'enzima, puoi amplificare il frammmento per PCR e poi fare la restrizione sull'amplificato.
Citazione:
Un'altro mio dubbio era se dovessi differenziare anche i casi in cui si ha anche C e T (nel SNP,) perchè nel secondo pezzo del problema la consegna mi dice che alla fine del RFLP ho trovato una frequenza di G dell'80% nei soggetti sani(200), mentre nei soggetti malati (20 individui) ho trovato questi genotipi 12 G/G, 1 C/C e 7 G/C. Questa cosa mi ha un po' scombussalato e da li sono nati i miei dubbi infatti facendo i vari genotipi (anche con C e T) non sono riuscito a trovare un enzima che tagliasse una di queste sequenze rispetto all'altra.
Questo in effetti è un po' strano, mi verrebbe da pensare che ci sia un errore nel testo.
[/quote]Spero di essere stato chiaro qui allego un disegno di quello che ho fatto[/quote]
Ok, il ragionamento mi sembra corretto, la prossima volta però magari ritaglia e ridimensione l'immagine prima di postarla (era un po' enorme!), ed evita di usare nomi che contengano perentesi perche danno problemi di visualuzzazione nel forum. Comunque ho sistemato la tua immagine e ora si vede! |
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Chaaya
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2016 : 11:09:32
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okkk grazie mille per la risposta |
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Chaaya
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 08 gennaio 2016 : 13:33:20
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Andando avanti con l'esercizio mi da i seguenti risultati:
Campione di soggetti sani 200
frequenza di G = 80%
Individui malati 20
12 G/G
1 C/C
7 G/C
Mi chiede se ci può essere un legame tra malattia e polimorfismo.
Io ho fatto questo ragionamento: se i rapporti dei polimorfismi sono uguali sia negli individui sani sia negli individui malati, allora non c'è legame SNP malattia.
Potrebbe funzionare come ragionamento? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 09 gennaio 2016 : 19:02:41
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| Sì è corretto! |
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Esercizio Polimorfismo
