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lelè
Nuovo Arrivato
Prov.: Cosenza
Città: rossano
14 Messaggi |
 Inserito il - 27 febbraio 2007 : 16:53:43
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volevo sapere se la coda di istidine aggiunta ad una proteina, può influenzare la corsa elettroforetica e in che modo. in pratica la banda sul gel corrispondente alla proteina correrà più lentamente oppure più veloce per qualche conformazione strutturale particolare? Graziee....
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lelè |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 27 febbraio 2007 : 19:02:43
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Se la corsa elettroforetica è SDS-PAGE l'unica 'influenza' di cui devi
tenere conto è l'ovvio aumento di peso molecolare, mentre se è nativa
dipende dal pH che hai tenuto: le His potrebbero modificare la carica
della proteina, qualora ionizzate, ma non è detto che abbia una grossa
influenza sulla corsa, specie se la proteina è molto grossa..
Tipo di corsa, tipo di proteina....insomma
dipende molto dalle condizioni del tuo esperimento! |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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lelè
Nuovo Arrivato
Prov.: Cosenza
Città: rossano
14 Messaggi |
Inserito il - 28 febbraio 2007 : 13:40:10
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| ieri ho dimenticato di precisare che l'elettroforesi è SDS-PAGE...cmq oltre ai motivi e alle ovvie spiegazioni datemi, cercavo qualcuno che mi potesse dare delucidazioni su come è possibile che la mia proteina migri più in basso rispetto alla posizione che dovrebbe avere rispetto al suo peso molecolare... avete qualche spiegazione plausibile? |
lelè |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 28 febbraio 2007 : 15:02:46
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Ciao...
prima di tutto di che proteina si tratta?
E' plausibile che alcune proteina "corrano" piu' del loro PM, ti faccio un esempio. I recettori associati a proteine G, 7 eliche trasmembrana, corrono quasi 10 kDa in piu', in virtu' della conformazione che assumono durante le corsa.
Cerca in letteratura info sulla tua proteina o chiedi nel tuo lab a qualcuno che ci ha già lavorato.
Prima di accettare che sia corretto che la tua proteina corra di piu, verifica che non ci siano altri problemi...
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 28 febbraio 2007 : 19:32:28
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In SDS-PAGE tutte le proteine hanno la stessa conformazione:
quella di catena polipeptidica denaturata. Non ce ne son di balle.
Se per "più in basso" intendi dire che corre più velocemente
del previsto, potrebbe darsi che abbia subito taglio proteolitico.
Per escludere questa possibilità dovresti confrontare banda ottenuta
e banda prevista e individuare potenziali siti di taglio nella sequenza. |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 28 febbraio 2007 : 22:23:22
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Il fatto che alcuni recettori associati a proteine G corrano piu veloci in SDS page è un dato di fatto, io ci ho lavorato... hai ragione a dire che la forma è quella denaturata.
ciao |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 01 marzo 2007 : 00:18:30
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Pardon, non volevo metterlo in dubbio: solo evidenziare una teoria più che condivisa.
Francamente non so spiegare il fenomeno delle proteine G..m'informerò, grazie.  |
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moonycinzia
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 09 marzo 2007 : 19:54:42
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Citazione:
Messaggio inserito da Dionysos
Se la corsa elettroforetica è SDS-PAGE l'unica 'influenza' di cui devi
tenere conto è l'ovvio aumento di peso molecolare, mentre se è nativa
dipende dal pH che hai tenuto: le His potrebbero modificare la carica
della proteina, qualora ionizzate, ma non è detto che abbia una grossa
influenza sulla corsa, specie se la proteina è molto grossa..
Tipo di corsa, tipo di proteina....insomma
dipende molto dalle condizioni del tuo esperimento!
Discutendone con un ricercatore del mio gruppo in realtà è uscito dfuori che questo è un po' un luogo comune.Se la proteina è molto grande non è affatto detto che l'sds la denaturi completamente quindi la corsa potrebbe essere influenzata,in sds page,non solo dal p.m ma anche dall'idrofilicità o idrofobicità della stessa.
Questo spiegherebbe perchè proteine molte grosse come le proteine G non corrano come proteine ad eguale P.M ma più velocemente,proprio perchè anche la cariuca ha un suo effetto. |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 09 marzo 2007 : 20:34:44
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| si ci sono delle proteine che corrono in maniera anomala, ad es. DnaK! |
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tommasomoro
Utente Junior
358 Messaggi |
 Inserito il - 10 marzo 2007 : 14:42:13
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fatti fare la massa della proteina
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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tommasomoro
Utente Junior
358 Messaggi |
Inserito il - 11 marzo 2007 : 18:14:53
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ok torniamo a bomba
perke' vuoi sapere come l' his-tag varia la corsa di un a proteina ?
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