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jukas
Nuovo Arrivato

Prov.: Palermo
Citt�: palermo

11 Messaggi

Inserito il - 17 novembre 2005 : 12:19:03

Ciao a tutti volevo sapere qualche notizia specifica sugli SMEAR in un elettrofores fatta dopo una PCR genomica...
Quello che so e che lo smear � dovuto al fatto che l'enzima di restrizione esegue molti tagli e per questo i frammenti sono numerosi....

valia
Moderatore

Prov.: UK

1001 Messaggi

Inserito il - 17 novembre 2005 : 16:15:34

scusa, cosa intendi con PCR genomica? che primer hai usato??

Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1914 Messaggi

Inserito il - 17 novembre 2005 : 17:33:48

uno smear � uno striscio di DNA su gel ,e si ha quando il DNA viene digerito da un enzima che effetua dei tagli frequenti(Sau3AI) o trattandolo con enzimi di restrizione diversi e producendo quindi frammenti con un PM diverso,
tu forse intendi che viene fatta una PCR utilizzando una miscela di primer a sequenza casuale su l intero genoma e questo poi viene caricato sul gel e ti esce lo striscio

PS:ma ti serve per fare una genoteca?

jukas
Nuovo Arrivato

Prov.: Palermo
Citt�: palermo

11 Messaggi

Inserito il - 17 novembre 2005 : 18:18:24

no no � un'esperienza ke ho fatto all'universit�, non ci hanno neanche detto che primer abbiamo utilizzato...QUELLO KE HO DAL PROTOCOLLO � che si tratta di dna di riccio di mare...
e quindi � una PCR genomica (sull'intero genoma)...e non di una parte..

valia
Moderatore

Prov.: UK

1001 Messaggi

Inserito il - 17 novembre 2005 : 18:32:26

ma prima della PCR avevate usato enzimi di restrizione?

jukas
Nuovo Arrivato

Prov.: Palermo
Citt�: palermo

11 Messaggi

Inserito il - 18 novembre 2005 : 09:23:46

guarda il problema � quello... non ci hanno detto nulla.... ci hanno solo detto quello ke ho scritto. Poi a dire il vero nenake loro (gli assistenti) sapevano bene cosa fosse

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 18 novembre 2005 : 11:52:45

Ah, quanto amo le esercitazioni fatte cosi! Mettila cosi': vuoi fare il ricercatore, quindi cerca di capire cosa ti volevano far vedere!!!

Probabilmente avrete usato random primer o primer universali, in modo da amplificare il campione e poi avete digerito il DNA con un certo enzima di restrizione e fatto un'elettroforesi del digerito.

In questo caso ottieni tante bande che corrispondono a parti di DNA di diversa misura. Se la digestione e' lasciata per lungo tempo otterrai tanti frammenti piccolini che ti formeranno lo smear in fondo al gel.

Una tecnica simile e' chiamata DNA fingerprinting e serve ad esempio in ambito forensico x vedere se due campioni di DNA appartengono alla stessa persona (daranno lo stesso pattern di bande sul gel).

Purtroppo senza altre info e' difficile dirti di piu' sorry!

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Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1914 Messaggi

Inserito il - 18 novembre 2005 : 17:38:24

Nico ma se digerisci tutto il genoma con uno stesso enzima,non credo che ti usciranno i ladder ma avrai uno smear quindi come fai a fare il confronto?
io sapevo che di utilizzano degli enzimi specifici per il DNA satellite e dopo caricandolo su gel puoi vedere le bande e fare il confronto

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 19 novembre 2005 : 01:02:40

Si, non sono sicurissimo... probabilmente usano enzimi che riconoscono poche sequenze o fanno digestioni non complete

Comunque era giusto x dare un'idea della tecnica! Sinceramente non l'ho mai fatto quindi non so bene i particolari

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