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saras
Nuovo Arrivato

Città: como

27 Messaggi

Inserito il - 09 giugno 2008 : 22:01:27

Ciao a tutti ,
mi sono appena iscritta la Forum, ma l'ho sempre letto e ho trovato cose interessanti spero che qualcuno potrà aiutarmi!

Facendo analisi di SNP tramite minisequencing con ABI310 ho notato che anche nei controlli "bianchi" ho picchi che sembrerebbero specifici. Da cosa può dipendere? da primers annealing o dal primer SNAP (dello snap shot)? se a qualcuno è successo quialcosa di simile pf aiutatemi!!!
Grazie

Topogigio77
Nuovo Arrivato

Città: Milano

37 Messaggi

Inserito il - 11 giugno 2008 : 09:01:34

verifica che il primer non faccia un self-priming (si arrotola su se stesso facendo un auto-primer per la polimerasi) oppure, più probabile, hai contaminazioni o nella mix SnapShot o nell'acqua...

saras
Nuovo Arrivato

Città: como

27 Messaggi

Inserito il - 11 giugno 2008 : 09:34:24

Grazie mille per la risposta!

Ho già cambiato tutti i mix e l'acqua, ho utilizzato anche un altro set di tubini.

Ora ho ordinato un'altra coppia di primers. Ti faro' sapere!

Ma non puo' essere che sia il primer snap che mi crea comunque il picco anche se non c'è amplificato (tipo cio' che succede quando si fa un Primer Focus???)
Grazie ancora.