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germy
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74 Messaggi
Inserito il - 02 luglio 2008 : 11:03:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di germy Invia a germy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti...vorrei porvi una domanda forse a molti banale
qualcuno saprebbe spiegarmi in maniera molto semplice qual'è la differenza tra BIGDYE PRIMERS, e BIGDYE TERMINATORS??e come funzionano questi due sistemi?
molte grazie

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 02 luglio 2008 : 21:46:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
I BigDye (come dice la parola! ) sono dei coloranti "fluorocromi" (grossi), che vengono legati ai dNTPs, e si usano nelle reazioni di sequenziamento.
Nel caso dei BigDye Primers è il primer ad essere fluorescente (è legato ai BigDye), si fanno avvenire 4 reazioni di PCR (sequenziamento con metodo Sanger) ognuna utilizzando un primer con un fluoroforo diverso e un ddNTP (terminatore diverso):
- primer BigDye verde con ddATP
- primer BigDye azzurro con ddCTP...
Poi si analizzano su gel (o con sequenziatore automativo) i frammenti che saranno marcati in modo diverso a secondo della base finale, la comodità rispetto al metodo di Sanger classico è che posso mischiare le 4 reazioni e caricarle in un unico pozzetto del gel (non ne ho bisogno 4 per le 4 basi)

Nel caso dei BigDye Terminators sono i ddNTPs ad essere legati al fluorocromo, quindi fai tutto con un'unica reazione di PCR.

Se vuoi vedere meglio come funziona guarda questo pdf:
genomica_4.pdf (Pesole)
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germy
Nuovo Arrivato

444



74 Messaggi
Inserito il - 02 luglio 2008 : 22:05:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di germy Invia a germy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
molte grazie GFPina...alla fine ero riuscito a capirli...ma le slide che mi hai fatto vedere sono del mio prof!! anche tu sei una biotecnologa di bari???
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 02 luglio 2008 : 22:11:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da germy

anche tu sei una biotecnologa di bari???

No io ho fatto Biologia a Milano! (tempo fa ormai)

Ma Pesole è un grande stava anche lì!!!
Anche se io ho seguito solo alcuni seminari suoi!
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germy
Nuovo Arrivato

444



74 Messaggi
Inserito il - 03 luglio 2008 : 09:19:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di germy Invia a germy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
che uomo!
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