digestione parziale??

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mak_steon
Utente Junior

138 Messaggi

Inserito il - 22 luglio 2008 : 10:30:29

Ciao a tutti,
io mi occupo di identificazione di batteri tramite restrizione enzimatica ed ho un "piccolo rompicapo" che non riesco a risolvere.

Ho amplificato il 16S di diverse decine di batteri appartenenti alla stessa specie e dopo digestione enzimatica con HinfI ho ottenuto due profili che differenziavano tra loro solamente per una banda (nel senso che uno aveva una banda in più, per il resto era uguale).
Ho pensato (e lo penso ancora) ad una digestione parziale; il fatto è che sempre ripetibile e non sparisce neanche aumentando la concentrazione dell'enzima o i tempi della digestione.

Ho sequenziato il 16S di alcuni di questi "ceppi" e sono tutti identici.

Tutti gli altri enzimi (6 o 7) che ho provato hanno dato un profilo unico.

Volevo sapere se per caso qualcuno aveva avuto esperienze analoghe e ha qualche suggerimento...

grazie
Ciao

darkene
Utente Junior

291 Messaggi

Inserito il - 22 luglio 2008 : 17:55:28

non saprei. l'unica cosa che farei è dare l'enzima a più riprese, cioè metti la digestione, dopo 30 minuti dai dell'ènzima fresco e fai altri 30 minuti. questo perchè alcuni enzimi di restrizione hanno una emivita di 20-40 minuti.

E. Coli
Nuovo Arrivato

22 Messaggi

Inserito il - 25 luglio 2008 : 23:22:39

per sapere se la banda in più è veramente un risultato derivante da una digestione aspecifica prova a caricare vicino al tuo campione "rompicapo" il campione stesso non digerito in modo da poter confrontare...no? magari lo hai già fatto...
ciao!!