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Smichel
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36 Messaggi |
 Inserito il - 28 luglio 2008 : 16:14:22
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salve,
devo fare una relazione sulle varie cause di denaturazione della doppia elica di DNA: radiazioni, temperatura, pH, legame a proteine.
Qualcuno mi sa dare una spiegazione esauriente, magari con esempi, di ciascuna delle cause che ho elencato?
Cioè mi sapete dire l'effetto e le modalità di azione di ciascuna causa sulla doppia elica di DNA?
Vi ringrazio anticipatamente.
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Dana86
Nuovo Arrivato
Prov.: VT
Città: Viterbo
114 Messaggi |
Inserito il - 30 luglio 2008 : 22:50:54
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La temperatura denatura il DNA rompendo i legami H tra le basi rendendo quindi il DNA a singolo filamento. La temperatura di denaturazione dipende dal tipo di coppie di basi presenti: la coppia C-G caratterizzata da tre legami H necessiterà di una temperatura maggiore perchè questi legami si rompano,perciò una sequenza più ricca di coppie C-G avrà bisogno di una temperature maggiore per essere denaturata!
I raggi UV in genere cauano i cosidetti dimeri di pirimidine in particolare i dimeri di timina:in pratica si creano dei legami covalenti tra i carboni delle timine che si susseguono lungo il filamento di DNA, tra timine adiacenti ovviamente,questo provoca una struttura molto rigida del DNA che può però essere riparata da un complesso che prende il nome di Uvr(A,B,C); A e B riconoscono il danno e C taglia circa 11 basi,la polimerasi ripristina le basi e infine la ligasi riunisce il tutto!questo è quello che so!!!!!! |
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 31 luglio 2008 : 00:04:01
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| Per il pH, un pH alcalino favorisce la ionizzazione dei gruppi fosfato e ciò destabilizza la doppia elica...Una bassa concentrazione salina, in particolare di ioni monovalenti come il Na+ comporta la mancata chelazione della carica negativa sui gruppi fosfato e quindi la repulsione tra i gruppi fosfato destabilizza come prima la doppia elica...Proteine in grado di "denaturare" il DNA possono essere proteine come la RNA-polimerasi o l'elicasi nel replisoma che devono necessariamente far aprire la doppia elica di DNA per usarlo come stampo...Un'altra cosa che mi viene in mente è la denaturazione con agenti caotropici quali l'urea o la formaldeide, che rompono i legami idrogeno e le interazioni idrofobiche tra le basi... |
 
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elly_
Utente Junior
400 Messaggi |
Inserito il - 31 luglio 2008 : 12:16:57
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Citazione:
Messaggio inserito da Dana86
La temperatura di denaturazione dipende dal tipo di coppie di basi presenti: la coppia C-G caratterizzata da tre legami H necessiterà di una temperatura maggiore perchè questi legami si rompano,perciò una sequenza più ricca di coppie C-G avrà bisogno di una temperature maggiore per essere denaturata![/br]
La spiegazione di Dana86 è la prima ad essere stata data, ma non è esatta. E' vero che la denaturazione del DNA dipende dalla composizione in basi ed è anche vero che un AT-rich dsDNA si denatura a T minori di un CG-rich dsDNA. Questo però non dipende dal numero di H bonds tra le basi, bensì tra le interazioni stacking tra paia di basi adiacenti. In particolare le interazioni stacking delle coppie CG è più negativa, e quindi maggiore, delle coppie AT. Invece la forza totale di H bonds è molto minore delle interazioni stacking. |
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Dana86
Nuovo Arrivato
Prov.: VT
Città: Viterbo
114 Messaggi |
Inserito il - 31 luglio 2008 : 15:12:17
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| Wow...io ho sempre saputo che tutto dipendesse dai legami H!potresti dirmi dove trovo queste info elly??grazie mille! |
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Dana86
Nuovo Arrivato
Prov.: VT
Città: Viterbo
114 Messaggi |
Inserito il - 31 luglio 2008 : 15:32:26
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allora ho fatto una breve ricerca...le interazioni stacking si creano tra nucleotidi adiacenti,da quello che ho capito sono interazioni di tipo idrofobico che stabilizzano la struttura della doppia elica...ma non riesco a capire come questo possa incidere sul fatto che il DNA sia a singolo filamento...cioè se l'interazione avviene tra nucleotidi adiacenti e non tra nucleotidi che sono uno su un filamento e uno sull'altro come può dipendere da queste interazioni la denaturazione??!!
se qualcuno sa la ripsosta ce lo faccia sapere!!! |
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elly_
Utente Junior
400 Messaggi |
Inserito il - 01 agosto 2008 : 12:15:57
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attento io ho scritto "interazioni stacking tra paia di basi adiacenti" che è a un livello superiore rispetto a "interazioni stacking tra nucleotidi adiacenti", cioè io parlo di dsDNA e tu di ssDNA.
quando dico coppia CG intendo: dsDNA con su un filamento CG e di conseguenza sull'altro GC. quindi un TA-rich dsDNA è meno stabile di un GC-rich DNA perchè le "interazioni stacking tra paia di basi adiacenti" sono più deboli.
adesso dovrebbe essere chiaro. |
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elly_
Utente Junior
400 Messaggi |
Inserito il - 01 agosto 2008 : 12:19:45
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Citazione:
Messaggio inserito da Schuldiner86
Proteine in grado di "denaturare" il DNA possono essere proteine come la RNA-polimerasi o l'elicasi nel replisoma che devono necessariamente far aprire la doppia elica di DNA per usarlo come stampo
Qui serve una precisazione: denaturare credo sia tra virgolette perchè per denaturazione si intende la completa rottura di tutte le interazioni tra le basi. Qui "denaturare" sta per local unwinding. |
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Smichel
Nuovo Arrivato
36 Messaggi |
Inserito il - 01 agosto 2008 : 15:18:14
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grazie a tutti, siete stati molto utili ed esaurienti,ma mi chiedevo se poteste darmi delle spiegazioni ulteriori riguardo al ph e alle sostanze urea e formaldeide dal punto di vista termodinamico e magari chimico per sapere bene come agiscono urea e formaldeide.
cioè un pH acido inferiore a 3 come causa la denaturazione del DNA (perchè ho letto che la causa)? e in che modo le sostanze chimiche citate rompono i legami idrogeno tra le basi?
grazie di nuovo. |
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 01 agosto 2008 : 18:57:22
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Citazione:
Qui serve una precisazione: denaturare credo sia tra virgolette perchè per denaturazione si intende la completa rottura di tutte le interazioni tra le basi. Qui "denaturare" sta per local unwinding.
Hai colpito in pieno il significato delle virgolette...Cmq per il fatto del pH 3 ragioniamo un attimo...L'effetto di un pH acido sui gruppi fosfato dato l'eccesso di ioni H+ sarebbe la protonazione del gruppo fosfato con la conseguente perdita delle cariche negative che destabilizzano il DNA...l'eccesso di ioni H+ però dovrebbe agire sugli N presenti nelle basi azotate ionizzando i gruppi a positivi creando dove possibile degli azoti quaternari che possono impedire la formazione di legami idrogeno stabili...questo è il ragionamento che mi viene da fare...Per quanto riguarda gli agenti caotropici quello che mi viene da pensare è che dal momento che rompono i legami idrogeno e creano interazioni idrofobiche con le basi, lo strato d'acqua che ricopriva prima il DNA ne risulta turbato con un aumento di entropia e quindi viene favorita la denaturazione...è spiegato malissimo, ma spero si riesca a capire in qualche modo ed è l'unica spiegazione che per ora mi viene... |
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Smichel
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36 Messaggi |
Inserito il - 02 agosto 2008 : 09:48:53
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grazie della spiegazione.
in effetti riguardo gli agenti caotropici non ho ben capito cosa succede. cioè vorrei anche sapere a livello chimico come è che rompono i legami tra le basi.
comunque è già un grande aiuto quello che mi hai dato.
se per caso poi riuscissi a darmi una spiegazione più acurata e comprensibile, ti sarei molto grato.
cordiali saluti. |
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cause di denaturazione del DNA
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