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Autore Discussione  

ilarip
Utente Junior

haci
Prov.: Bologna
Città: Bologna


432 Messaggi
Inserito il - 27 novembre 2008 : 14:39:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ilarip  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di ilarip Invia a ilarip un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti
ieri a lezione abbiamo trattato questa metodica usata per il confronto di due genomi;alcune cose però nn mi sono particolarmente chiari
i 2 genomi che vengono presi in considerazione vengono digeriti con enzimi di restrizione in seguito alla digestione i vari frammenti ottenuti vengono legati con aduttori specifici e infine vengono amplificati mediante PCR
io nn ho ben capito che succede dopo la PCR???
ho capito bene che in questo caso il microarray è costituito da SNPs
piccoli oligonucleotidi che differiscono di una base??

vi allego anche l'immaggine che ha usato la mia prof a lezione



Allegato: ROMA.doc
69,59 KB
Ho imparato.. .che le opportunità non vanno mai perse.
Quelle che lasci andare tu...le prende qualcun altro
Ho imparato...che è meglio dare consigli solo in due circostanze...
Quando sono richiesti e quando ne dipende la vita.

Giuliano652
Moderatore

profilo

Prov.: Brescia


6941 Messaggi
Inserito il - 27 novembre 2008 : 14:46:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Giuliano652 Invia a Giuliano652 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non conosco questa tecnica ma ha un nome bellissimo!
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ilarip
Utente Junior

haci

Prov.: Bologna
Città: Bologna


432 Messaggi
Inserito il - 27 novembre 2008 : 18:04:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ilarip  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di ilarip Invia a ilarip un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
anche per me è la prima volta che la sento nominare
Ho imparato.. .che le opportunità non vanno mai perse.
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 27 novembre 2008 : 23:30:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh anch'io non l'ho mai sentita, ma cercando qualcosa si trova:

Articolo originale:
Representational oligonucleotide microarray analysis: a high-resolution method to detect genome copy number variation.
(che non ho letto!)

E su wikipedia trovi una descrizione: http://en.wikipedia.org/wiki/ROMA
Con un immagine che mi sembra anche più chiara di quella che hai tu:



Citazione:
Messaggio inserito da ilarip

io nn ho ben capito che succede dopo la PCR???

I frammenti amplificati vengono marcati con fluorofori e fatti ibridare su microarray

Citazione:
Messaggio inserito da ilarip

ho capito bene che in questo caso il microarray è costituito da SNPs
piccoli oligonucleotidi che differiscono di una base??

No mi sembra che sia per vedere piccole delezioni o duplicazioni del genoma, non SNPs!
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ilarip
Utente Junior

haci

Prov.: Bologna
Città: Bologna


432 Messaggi
Inserito il - 28 novembre 2008 : 10:27:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ilarip  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di ilarip Invia a ilarip un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie GFPina ora la cosa mi è un po' più chiara
per quanto riguarda gli SNP chiederò alla professoressa.. credo che qualcosa debbano centrare perchè sono stati nominati nella stessa diapositiva da dove ho ricavato l'immaggine allegata sopra
grazie di tutto
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 28 novembre 2008 : 20:07:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora la cosa mi ha incuriosito e ho cercato un po'!
Spero che comunque la tua Prof. dia qualche spiegazione in merito, poi facci sapere!

Comunque la "ROMA" è stata fatta per vedere la variazione del numero di copie di alcune parti del genoma, amplificazioni e delezioni (Copy Number Polymorphisms (CNPs)).
Poi c'è un metodo sviluppato da Affymetrix (GeneChip Mapping assay), che è sostanzialmente la stessa cosa, ma vengono analizzati SNPs.

La differenza sta nel come vengono fatti i microarray su cui si fanno ibridare i prodotti di PCR marcati.

La figura è questa e corrisponde a quella che hai tu:



La cosa strana è che i due articoli sono usciti esattamente nello stesso momento:

Representational oligonucleotide microarray analysis: a high-resolution method to detect genome copy number variation.

Large-scale genotyping of complex DNA.
(questo articolo non è free, ma si può scaricare il manuale di Affymetrix: GeneChip Mapping 100K Assay Manual
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ilarip
Utente Junior

haci

Prov.: Bologna
Città: Bologna


432 Messaggi
Inserito il - 28 novembre 2008 : 21:09:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ilarip  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di ilarip Invia a ilarip un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie ancora cmq martedì appena ho lezione li chiederò speigazioni e poi posto tutto!!
intanto mi do un occhiata agli articoli..
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