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Sole_Robi
Nuovo Arrivato
Città: Parma
22 Messaggi |
 Inserito il - 22 marzo 2008 : 16:06:15
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In che cosa consiste la reazione di trans-splicing?
Come si presenta e serve a capire cosa??
grazie 
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
 Inserito il - 22 marzo 2008 : 16:35:06
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| ...e' solo un montaggio di esoni che provengono da trascritti diversi |
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 16:46:42
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| Praticamente vengono uniti due esoni provenienti da 2 mRNA immaturi diversi...E' raro che accada e avviene soprattutto per i virus... |
 
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Iside
Utente Attivo
Città: Napoli
1375 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 17:30:36
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Secondo me non è poi tanto raro come meccanismo:
Since the discovery that genes are split into intron and exons, the studies of the mechanisms involved in splicing pointed to presence of consensus signals in an attempt to generalize the process for all living cells. However, as discussed in the present review, splicing is a theme full of variations. The trans-splicing of pre-mRNAs, the joining of exons from distinct transcripts, is one of these variations with broad distribution in the phylogenetic tree. The biological meaning of this phenomenon is discussed encompassing reactions resembling a possible noise to mechanisms of gene expression regulation. All of them however, can contribute to the generation of life diversity.
Ref: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16184228?ordinalpos=17&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum |
...we're just two lost souls swimming in a fishbawl...year after year...
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 18:05:07
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| Io perlomeno me lo ricordo da biologia molecolare, l'avevo letto sul Gene VIII che non era molto diffuso come meccanismo e che avveniva soprattutto per gli mRNA virali, per questo ho scritto il post precedente... |
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la_fra
Utente
750 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 18:54:25
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io ho studiato che è stato scoperto per la prima volta in un protozoo (il trypanosoma africano che provoca la malattia del sonno)e poi osservato in altri eucarioti inferiori come protisti e platelminti, comunque hanno visto che tutti gli mRNA nucleari del tripanosoma possiedono 35 nucleotidi non codificati dal gene principale. Tali nucleotidi costituiscono la cosiddetta sequenza spliced leader (SL). SL è codificata separatamente, e ve ne sono circa 200 copie sparse in tutto il genoma del tripanosoma.
La sequenza SL viene trascritta in modo da contenere, al 3’, delle basi addizionali (RNA finale è lungo 135 nt), il trascritto prodotto viene regolarmente sottoposto a capping e contemporaneamente il gene viene trascritto e poliadenilato. I due diversi RNA subiscono poi un evento di splicing in trans che porta alla formazione del prodotto maturo
Più precisamente, l’adenosina al branch-point, presente nell’introne del gene, attacca la giunzione tra la sequenza leader SL e il suo introne creando un intermedio a Y. L’esone leader SL attacca il sito di splicing tra l’introne a Y e l’esone seguente e ciò determina la formazione del prodotto maturo + l’introne a forma di Y
Nell'uomo è stata identificata una variante di splicing della acetiltransferasi ACAT-1 che contiene l’esone 5‘ non tradotto codificato sul cromosoma 7, seguito dagli esoni 1-16 codificati sul cromosoma 1
Non è che "serva a capire" qualcosa, è un evento che si verifica occasionalmente e osservato dagli eucarioti inferiori fino all'uomo |
Doctors are men who prescribe medicines of which they know little, to cure diseases of which they know less, in human beings of whom they know nothing (Voltaire) |
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cribbiones24
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 13 dicembre 2008 : 15:57:28
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| ma chi sono i protagonisti al livello proteico??e l'ordine di assemblaggio dei vari introni come e da chi viene assicurato??perchè e uando avviene questo processo??c'è una qulache fora di regolazione o è un evanto del tutto casuale?? |
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zappa
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 16 dicembre 2008 : 14:04:00
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L'aspetto del trans-splicing è molto interessante, anche se personalmente, dopo aver letto alcuni riferimenti e articoli in merito (sicuramente troppo poco ancora) non riesco a chiarirmi alcuni aspetti di questo meccanismo: su tutti i metodi di controllo ammesso che vi siano. La questione è la seguente:il trans-splicing prevede che un SL snRNP si leghi alla sequenza SL che sostituisce sostanzialmente la "mancanza" della regione 5' intronica del sito di splicing. E' anche verso che però questo complesso di RNA e proteine con capacità catalitiche ha una stretta somiglianza al fattore di splicing U1 (molto simile anche nei siti di legame per i nt). Ciò che mi chiedo è come possa essere regolata la competizione di legame del sito 3' a cui cercano di legarsi sia U1 e SL snRNP dove uno comporta un normale splicing e l'altro un trans-splicing. Questa competizione per il legame mi aspetterei che preveda una sorta di controllo. Spero di essere stato abbastanza chiaro, anche se ho i miei dubbi in merito. Spero che qualcuno possa aiutarmi a capire meglio la questione che io per ora sto cercando di risolvere leggendomi alcuni articoli sull'operone di trans-splicing ma sto ancora in alto mare. 
Grazie a tutti.
P.S: una prima risposta che mi sono dato, anche se non ho trovato riscontri è sulla differenza di fattori che devono prevedere alla connessione tra U1/SL snRNP con il complesso U2AF. Cioè trovare delle differenze, non in U2, ma nel complesso che lega a valle sul sito 3' di splicing..  |
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Mat
Nuovo Arrivato
85 Messaggi |
Inserito il - 21 dicembre 2008 : 00:29:15
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Per cribbiones direi oer fortuna c'è qualcosa che non conosciamo su cui fare ricerca per quello che si può.
Comunque dopo essermi letto un paio di articol (guardate l'ora in cui ho scritto questo mess e ringraziate che non ero uscito)sono molto in alto mare e non posso fare altro che sparare qualche mia stramba idea che viene fuori più dal sonno che dal ragionamento razionale. Per quanto riguarda l'argomento anche io mi sono posto le stesse domande di zappa e per me potrebbero essere fenomeni tipo "enhancer di splicing" mancanti (ho letto anche il gene VIII) dove cioè gli snRNA fanno fatica a legarsi e non si legano i fattori addizionali che permetterebbero la formazione del complesso di splecing. Senza considerare fenomeni legati a U5 che spostandosi nel complesso B2 dall'esone all'introne potrebbe svolgere qualche ruolo nel processo ma ho troppo sonno per azzardare ulteriori ipotesi... |
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biotecman
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
Inserito il - 25 febbraio 2009 : 12:17:23
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Ragazzi io ho studiato che lo scopo principale del transplicing è quello di generare trascritti monocistronici da trascritti policistronici. Infatti in alcuni eucarioti inferiori come i nematodi o tripanosmi vi sono dei veri e propri operoni. Il problema è che, a differenza dei procarioti, negli eucarioti la traduzione è cap-dipendente, in quanto il sistema si è evoluto per trascritti monocistronici. Come fanno allora i vermi a maturare i loro trascritti policistronici?
Aggiungendo la seq SL (che è provvista del cap) si risolve il problema per l'estremità 5' del trascritto, l'estremità 3 invece verrà staccata dal trascritto policistronico grazie alla poliadenilazione! |
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Trans-splicing?
Didattica
