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amelietta
Nuovo Arrivato

21 Messaggi

Inserito il - 05 settembre 2009 : 10:56:49

ciao a tutti!
ho un problema che non riesco a risolvere...
confrontando la cds di un gene noto (ho preso la sequenza da genbank)con le sequenze dei singoli esoni dello stesso gene fatte nel mio lab mi sono resa conto che in entrambe erano presenti codoni di stop, com'� possibile?
se fossero presenti solo negli esono sequenziati da me avrei pensato a un errore nell'analisi degli elettroferogrammi ma invece ci sono anche nella cds online. Ho controllato i miei elettroferogrammi e la sequenza � corretta....Non me lo so spiegare....

grazie per il vostro aiuto

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 05 settembre 2009 : 12:23:42

Domanda stupida: sicura che siano in frame?
Oppure potrebbero esserci splicing alternativi?

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amelietta
Nuovo Arrivato

21 Messaggi

Inserito il - 05 settembre 2009 : 21:05:01

ciao chick80 e grazie,
dovrebbero essere in frame e...cosa intendi in questo caso con splicing alternativi? anche se dovessi avere splicing alternativi come possono esserci i codoni di stop (tanti oltretutto!) dentro la cds, non capisco....

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 05 settembre 2009 : 21:19:05

Che magari sono dentro alcuni esoni che possono essere saltati in determinate varianti di splicing. Non so, era un'idea cos� per dire :)

EDIT: no, in effetti se ce li hai nella CDS non funziona...

che gene � per curiosit�?

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amelietta
Nuovo Arrivato

21 Messaggi

Inserito il - 08 settembre 2009 : 12:05:13

chick80!!! avevi ragione a farmi una domanda stupida!!!! ho fatto un casino aggiungendo una base alla mia cds e....ho fatto slittare la fase di lettura!! anche quella delle altre sequenze perchè, allineandole con le mie, il programmino che uso aggiunge spazi quando le basi non combaciano!!! sono stata un pò lenta ma almeno ora ho capito! graaaazzzieeee

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 08 settembre 2009 : 12:41:35

ah ok! Mi sembrava veramente "impossibile" che ci potessero essere dei codoni di stop in frame!

Beh meno male che si � chiarito!

Neuroscience
Utente

659 Messaggi

Inserito il - 08 settembre 2009 : 12:54:25

a me una volta capit� una cosa simile perch� c'era una breve sequenza 5'-UTR e distrattamente avevo preso una ATG di partenza sbagliata

anche allineando con pubmed e con altre sequenze della letteratura mi trovavo sempre degli 'strani codoni di stop', poi mi sono accorto che la proteina che ne risultava aveva una sequenza diversa

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