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immadv
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18 Messaggi
Inserito il - 09 maggio 2008 : 12:57:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di immadv Invia a immadv un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti! qualcuno mi sa spiegare i grafici di Ramachandran?io nn ho capito se sono dei grafici relativi agli angoli di torsione di un singolo amminoacido oppure se sono relativi a tutti gli angoli di torsione in un determinato tipo di catena polipeptidica!!poi su quali pricipi vengono calcolati i valori di tali angoli(psi e phi)?qual' è la posizione che l' amminoacido deve assumere nella catena polipeptidica affinchè ad esso sia associata una determinata coppia di valori possibili???
aiutooo

SerenaS
Utente Junior

ITALIA



211 Messaggi
Inserito il - 09 maggio 2008 : 13:29:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SerenaS Invia a SerenaS un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
vedi se trovi qui qualcosa http://digidownload.libero.it/mario.milani/teaching/legame_peptidico.pdf
SII IL LUSSO DI TE STESSO
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immadv
Nuovo Arrivato



18 Messaggi
Inserito il - 09 maggio 2008 : 22:58:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di immadv Invia a immadv un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora ho capito questo: ad ogni residuo amminoacidico viene associata una coppia di angoli (phi,psi).Teoricamente questi angoli possono assumere tutti i valori compresi tra -180° e +180°solo che ciò non è possibile perchè per alcuni valori l' amminoacido assumerebbe nella catena una conformazione che non darebbe stabilità dato che provoca interazioni steriche con altri atomi all' interno della catena.Il grafico di Ramachandran è un grafico tipico per ogni residuo amminoacidico ed evidenzia quei punti di coordinate (phi,psi)che sono possibili per quell' amminoacido quando si trova inserito in una catena polipeptidica.Dunque i punti possibili sono quelli che non presentano o presentano poche interferenze steriche!I punti ai quali non corrisponde nessuna interferenza sterica sono pochi e ciascuno di essi è caratteristico di una particolare conformazione della catena come ad esempio alfa elica,foglietti beta,ecc..Questo vuol dire che il grafico di ramachandran è una sorta di mappa relativa ad un amminoacido che permette di andare a vedere per una determinata conformazione della catena come ad esempio un'alfa elica qual' è la coppia (psi,phi) che l' amminoacido possiede in quella conformazione della catena.Tutti gli amminoacidi possiedono un grafico di ramachandran piu o meno simile tranne la gliciana e la prolina che sono dei casi particolari;questo vuol dire che in una catena polipeptidica ad una determinata conformazione tutti i residui hanno piu o meno gli stessi valori di (psi ,phi).
NON so!!ho capito bene o non è cosi??UFFAAA AIUTOOOOOOOOOOOOOOOO!!!!!
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STG
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6 Messaggi
Inserito il - 25 ottobre 2009 : 14:57:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di STG Invia a STG un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
io ho il tuo stesso dubbio ma credo che sia totalmente giusto, però domani chiedo ad un prof...e poi ti dico.
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STG
Nuovo Arrivato



6 Messaggi
Inserito il - 26 ottobre 2009 : 15:52:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di STG Invia a STG un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si è cosi: il grafico di ramachandran è una buona approssimazione degli angoli diedri di un residuo in una proteina.PERCHè un approssimazione?perche gli angoli diedri per ogni residuo sono stati calcolati su polipeptidi composti di quell unico aminoacido.Mi spiego: il grafico di r. per l alanina è stato ottenuto osservando le torsioni dell alanina in un tripeptide di alanina.Nelle proteine ovviamente ci sarà alanina insieme ad altri aminoacidi dunque gli angoli diedri saranno leggermente differenti da quelli stimati da nel grafico di r.
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