mi aiutare a capire brevemente come nella pratica si devono utilizzare gli er in seguito alla pcr..?cioe nn capisco come devono essere aggiuti quale è la procedura che soliamente si segue?non esiste un protocollo come nella pcr?
una volta ottenuto l'amplificato di PCR, questo viene precipitato per eliminare il buffer di PCR e la Taq. a quel punto lo risospendi in acqua o TE e fai la reazione di restrizione aggiungendo il buffer di restrizione e l'enzima!
Io faccio così: Se la banda dell'amplificato si vede bene (utilizzando i parametri che usi normalmente), digerisco 5 uL di amplicone (di solito non purifico) con 1 uL di tampone (che di solito è 10X), 0.4 uL di enzima (è anche troppo, anche se non mi ricordo di preciso a quante Unità corrisponde) e porto a 10 uL con acqua. Se la banda dell'amplificato non si vede tanto bene aumento la quantità di amplicone e diminuisco l'acqua o faccio una reazione da 15 uL invece che da 10 (ovviamente mantenendo le stesse proporzioni). Poi lo metto a 37°C per tutta la notte (ma bastano un paio di ore)