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Alessandro
Nuovo Arrivato
Prov.: Varese
Città: varese
7 Messaggi |
 Inserito il - 21 luglio 2004 : 12:00:08
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qualcuno sa dirmi per quale motivo il legame di van der walls e più corto tra "g c" rispetto a "a t" per cui poi il dna è più denso
Grazie
Esame imminente
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z4r1u5
Nuovo Arrivato
56 Messaggi |
 Inserito il - 21 luglio 2004 : 13:39:55
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forse ti riferisci ai legami a idrogeno, non alle forze di van der waals...se cosi fosse la risposta e' che tra G e C si istaurano 3 legami H e tra A e T se ne formano 2, di conseguenza la bp GC e' legata piu' strettamente che AT...
se invece il tuo problema e il legame ke si forma fra una bp e quella adiacente, beh! probabilmente tra G e C il dipolo immediato/indotto e' piu' stabile dal punto di vista energetiko rispetto allo stesso tipo di interazione tra A e T
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Alessandro
Nuovo Arrivato
Prov.: Varese
Città: varese
7 Messaggi |
Inserito il - 21 luglio 2004 : 17:06:56
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Mi riferivo al legame tra una bp e quella adiacente...
Per far si che il dna risulti più denso dovrebbe essere più corto, ma perchè? |
ale |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 25 luglio 2004 : 13:21:46
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Sinceramente non sapevo che ci fosse una così grande differenza tra le forze di van der Waals tra le basi adiacenti a seconda della composizione, e cmq mi sembra molto strano che queste portino a cambiamenti di densità del DNA. Ricorda che le interazioni di vdW (meglio chiamarle così, non sono veri e propri legami chimici) sono veramente infime: variano infatti con la settima potenza della distanza (se quindi raddoppi la distanza la forza diventa 1/128...) e sono essenzialmente forze dipolo-dipolo. Se in media l'energia di un H-bond è 2-5 kcal/mol, una interazione di vdW è 0.1-0.2 kcal/mol.
La differente densità del DNA è dovuta al fatto che tra A e T ci sono 2 legami idrogeno e tra G e C ce ne sono 3.
Questo è necessario, ad esempio, per favorire o meno la trascrizione. Non è un caso che le origini di replicazione, ad esempio siano ricche in AT (o pensa anche al TATA box).
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Saverione
Nuovo Arrivato
Prov.: Ascoli Piceno
Città: Ascoli Piceno
11 Messaggi |
Inserito il - 28 luglio 2004 : 17:06:00
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Sono d'accordo, la differenza di densita'(ma non mi piace tanto questo termine) e' dovuta solo alla quantita'variabile di doppi legami fra AT e GC, le forze di VdW non credo sian coinvolte molto nella struttura.
Ah, in bocca al lupo per l'esame! |
So per certo che gli uomini non sono liberi di scegliere il proprio destino...
ESISTE DUNQUE UN KARMA SUPREMO? E'LA MANO DI .DIO. CHE CONTROLLA IL LORO DESTINO? |
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Alessandro
Nuovo Arrivato
Prov.: Varese
Città: varese
7 Messaggi |
Inserito il - 29 luglio 2004 : 00:49:48
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Ok sono con voi per il doppio e i il triplo legame.... ma wdw fra due coppie di basi impilate
c-g
g-c è -14,59
t-a
a-t è -6,57
g-c
c-g è -9.69
a-t
t-a è -3,82
stocking energies ( kcal/ mol dimero)
grazie comunque dell'aiuto, aspetterò una vostra risposta |
ale |
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Saverione
Nuovo Arrivato
Prov.: Ascoli Piceno
Città: Ascoli Piceno
11 Messaggi |
Inserito il - 29 luglio 2004 : 01:13:19
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Mmm, stando a quello che hai scritto effettivamente le interazioni di VdW sono piu'marcate fra C G "impilate", e questo spiegherebbe tutto il discorso...Che cmque continua a non convincermi.
Non ho mai sentito prendere in considerazione cosi'le VdW per spipegare la densita'di una doppia elica, ma aspetto di sentire qualcuno piu'ferrato in materia. |
So per certo che gli uomini non sono liberi di scegliere il proprio destino...
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Rando
Nuovo Arrivato
Prov.: Lodi
17 Messaggi |
Inserito il - 29 luglio 2004 : 10:46:33
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Non ne avevo mai sentito prima, e giuro che ho anche fatto una bella ricerca con google, tutti dicevano che tratti GC erano più densi (e quindi separabili con centrifugazione a gradiente di densità ma non ne davano il motivo).
Inizialmente la mia ipotesi era una differenza in peso molecolare tra la coppia CG e la coppia AT, ma due o tre somme mi hanno smentito: GC pesa solo un dalton in più di AT...
Invece le interazioni stocking mi convincono: se sono maggiori significa che statisticamente nel tempo le coppie CG-CG (ovvero due "pioli" della "scala") saranno più vicine spazialmente, e quindi in quella zona il DNA contiene più paia di basi per unità di volume (o di lunghezza se vogliamo). Risultato: è più denso.
Ho imparato qualcosa di nuovo.
Vi ho convinto?
ciao
Rando |
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Alessandro
Nuovo Arrivato
Prov.: Varese
Città: varese
7 Messaggi |
Inserito il - 29 luglio 2004 : 13:37:53
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Ho veramente guardato ovunque, vi ringrazio per il vostro interessamento! |
ale |
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Struttura dna
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