Citazione:

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Messaggio inserito da chim2

praticamente inizialmente ci si pone un problema:
date 2 molecole di cui sono note 2 geometrie in 3D si cerca di rispondere:
-le 2 molecole si legano tra di loro?
-quanto vale l' energia d'interazione?
-qual è la geometria del complesso?
quindi si cerca di determinare la geometria del complesso intermolecolare formato dalle 2 molecole,tenendo conto delle interazione,si parla di complementarietà chimica o complementarietà geometrica(le interazioni devono essere a corto raggio).
L'energia di binding è data dalla differenza di energia del complesso e quella delle singole molecole separate
-ovviamente il solvente gioca un ruolo a dir poco importante
-e un'altra grandezza(il principio dei principio diceva un' amica matematico) l'ENTROPIA
stimare l' energia è difficile in quanto il legando-proteina sono conformazionalmente flessibili quindi bisogna tener conto di :
-energia conformazionale
-effetto del solvente
-effetto entropico
-energia elettrostatica...
tutto questo è possibile quando
-è nota la struttura 3D del target recettoriale
-si conoscono le principale interazioni target-ligando
-la struttura intermolecolare è compatibile con la parametrizzazione di un modello impiegato..
ogni programma di docking utilizza una sua "funzione di score" per es.. alcuni come ti dice il link di sopra utilizzano la MM altri invece si basano sulla probabilità di avvicinamento..altri invece utilizzano più funzioni di score!

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