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Fusariumculmorum
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 22 dicembre 2010 : 11:12:59

Chi sa dirmi che cosa significa:

1) sequenziamento genoma
2) assemblamento genoma
3) annotazione genoma

Grazie

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 23 dicembre 2010 : 10:12:27

Giusto tre link nell'universo delle informazioni sull'argomento:

1) http://en.wikipedia.org/wiki/Full_genome_sequencing

2) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/model.shtml

3) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/build.shtml

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Fusariumculmorum
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 23 dicembre 2010 : 12:45:41

Ciao e grazie tante i link sono ottimi in particolare gli ultimi due della ncbi. Avrei un altra domanda da farti se hai tempo. Io sto studiando Brachypodium distachyon come specie modello del frumento per studi di suscettibilit�/resistenza a Fusarium spp. Il suo genoma e seguenziato e assemblato ma non annotato mentre quello del frumento e solo parzialmente sequenziato (credo, www.wheatgenome.org) ma ne assemblato ne annotato. Che cosa si pu� fare una volta che tramite mutanti di B. distachyon io facendo studi di loss of function vedo delle rsiposte differenziali e quindi un eventyuale coinvolgimento di quel gene/geni nell'interazione?

Grazie

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 23 dicembre 2010 : 14:18:54

Urka, qui la cosa si complica un attimo. Non sono estremamente ferrato in questo campo pero' ho colleghi che a colazione mangiano pane e assemblies (quindi se te e il tuo gruppo vorreste mettere in piedi un bel progettino ti posso girare un po' di contatti ad es. al PTP - http://www.tecnoparco.org/).

Se invece vuoi una risposta easy io ho provato a guardare sull'assembly di Brachypodium rilasciato con ensembl (http://www.gramene.org/Brachypodium_distachyon). Con il genome browser puoi ricavare un tutte le annotazioni che vuoi e, eventualmente, spostarti successivamente sui geni predetti come ortologhi in altre piante (anche se non mi sembra di aver trovato l'assembly di Triticum).

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

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