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CHIP
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 20 novembre 2006 : 18:18:33
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Gentili signori e signore..
una domanda per me ..nuovo acquisto..giovane studentessa..
1)la sintesi del cDNA può avvenire in differenti modi?
Perchè io ho trovato svariate versioni:
tutti hanno la trascr inversa al primo step però poi dopo c'è chi dice che si usano alcali e gli inneschi per 2° fil sono la forcina che fa il DNA neosintetizzato, c'è chi usa invece la ribonucleasi che crea nick nell'RNA e proprio questi diventano inneschi per il secondo filamento..che confusione..poi c'è anche il metodo dei random primers..com'è invece quest'ultimo???
2)EST sono brevi sequenze di cDNA non complete ma sufficienti per identificare un trascritto...queste sono belle paroline del libro , ma:
perchè brevi? se sono cloni di cDNA..saranno lugnhi 1000 paia di basi circa..com'è che sono brevi?
dopo sintetizzato il molecolone del cDNA si fanno dei tagli e si seleziona qualcosa?Cosa si seleziona...affinchè siano identificative di un gene?IL 5' e il 3' perchè sono quelle meno codificanti??
insomma..dopo questo (che magari se mi spiegate è meglio) sono clonatii in qualche vettori e sequenziate?Che vettore?Come sono sequenziate????
aiutatemi...magari non mi noltrate, please, la risp delle EST data un po' d tempo fa..nn è chiarissima..poco pratica..grazie mille
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albertos
Nuovo Arrivato
Prov.: livorno
Città: livorno
26 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2006 : 12:18:11
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Da quello che ho studiato in genomica le EST sequenze-etichetta espresse, sono i trascritti dei geni, quindi non contengono gli introni, e vengono usate o come sonde, per individuare geni simili in organismi differenti, per determinare in un gene quali sono gli introni e quali gli esoni.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2006 : 20:40:07
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Mannaggia a queste EST...
Citazione:
perchè brevi?
Sono brevi perchè sono state fatte con tecnologia a basso costo e quindi non sempre tutto il tratto di cDNA veniva sequenziato. Spesso si sequenziavano le 2 estremità.
Citazione:
Cosa si seleziona...affinchè siano identificative di un gene?IL 5' e il 3' perchè sono quelle meno codificanti??
Il cDNA è retrotrascritto da un mRNA quindi identifica un gene. Non ho capito la parte sul 5' e 3'
Citazione:
sono clonatii in qualche vettori e sequenziate?Che vettore?Come sono sequenziate????
Sono clonate nel vettore che più ti piace  solitamente BAC e sequenziate come più ti piace solitamente dye terminator + elettroforesi capillare.
Citazione:
1)la sintesi del cDNA può avvenire in differenti modi?
Perchè io ho trovato svariate versioni:
tutti hanno la trascr inversa al primo step però poi dopo c'è chi dice che si usano alcali e gli inneschi per 2° fil sono la forcina che fa il DNA neosintetizzato, c'è chi usa invece la ribonucleasi che crea nick nell'RNA e proprio questi diventano inneschi per il secondo filamento..che confusione..poi c'è anche il metodo dei random primers..com'è invece quest'ultimo???
Dipende da cosa vuoi trascrivere e se conosci le sequenze che vuoi trascrivere.
Se conosci le sequenze puoi benissimo usare primer specifici. Altrimenti usi random primers, cioè piccole sequenze (12-15bp) di DNA con sequenza casuale, che ti amplifica un po' di tutto (compreso quello che vuoi tu). |
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