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Ely86
Nuovo Arrivato
Città: milano
100 Messaggi |
 Inserito il - 15 marzo 2011 : 11:21:06
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ciao a tutti,
sto studiando genetica e non capisco se ho una sequenza di basi azotate come riconosco gli esoni?
CAGCAUGCAACGGUCGACUGCGACUGAUUAA
la sequenza start è AUG ma poi??
grazie
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2011 : 13:13:29
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ci sono dei software che fanno questo tipo di lavoro, ad esempio genescan http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
in funzione dello score che ti vien fuori dai siti donatori ed accettori di splicing puoi fare questa predizione, ovviamente lo splicing è un evento non dovuto solo grazie a queste sequenze consensus, ma anche grazie ad altre sequenze che ne regolano il processo |
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Ely86
Nuovo Arrivato
Città: milano
100 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2011 : 13:50:48
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Grazie per avermi risposto ma si può fare senza programmi al computer?
Tra pochi giorni ho l'esame di genetica e ho saputo che il prof mette questo tipo di esercizio e nn so come fare..mi potete aiutare?
grazie |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2011 : 13:57:17
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La sequenza che hai postato è molto corta per contenere esoni o introni. In H.sapiens, la lunghezza media degli esoni è sulle 200 basi e quella degli introni 4-5.000.
Per trovare i segnali di splicing, ti basta cercare 'splicing signals' su google images e guardare le immagini che vengono fuori.
Per esempio:
(da http://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch7E.htm ) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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netbridge85
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
79 Messaggi |
Inserito il - 16 marzo 2011 : 17:29:43
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In realtà prima occorre partire dall'AUG e fermarsi al primo codone di STOP che trovi (UGA, UAA o UGA) .Penso che sia un esercizio semplice, che non preveda di cercare i segnali di splicing, ma solo le ORF. Io ho trovato sia l'AUG che l'UAA alla fine.
CAGCAUGCAACGGUCGACUGCGACUGAUUAA
Se ci sono le U stiamo parlando di mRNA e quindi se cerchi i segnali si inizio, tendenzialmente se già in fase di sintesi proteica e hai già fatto splicing. Sennò credo che il prof avrebbe specificato che si trattava di DNA (in cui tra l'altro avresti trovato le Timine al posto degli uracili). |
Se ti tramuti in qualcosa di più di un semplice uomo, se consacri te stesso a un ideale e se nessuno riesce a fermarti allora diventerai una leggenda! |
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Ely86
Nuovo Arrivato
Città: milano
100 Messaggi |
Inserito il - 16 marzo 2011 : 18:59:31
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| Si esatto ma come trovo gli esoni in quella sequenza o in altre?come li riconosco?grazie |
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netbridge85
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
79 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2011 : 00:18:35
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Questo è il tuo filamento di mRNA:
5'CAGCAUGCAACGGUCGACUGCGACUGAUUAA 3'
hai 3 modi possibili per leggerlo identificando 3 possibili ORF. Di solito con le 3 modalità di lettura, alla fine potresti avere una orf che risulta troppo corta e quindi inadatta; con il secondo metodo potresti trovare solo segnale di stop o solo segnale AUG ma non entrambi. E magari alla terza modalità di lettura la trovi. Oppure non ne trovi in nessuna delle tre modalità di lettura. Di solito però una su 3 dovrebbe contenerne almeno una che sia anche abbastanza lunga: cioè un'AUG tra i primi nucleotidi e uno STOP più o meno verso la fine (considera che devi fare un confronto tra le tre ORF che trovi secondo il modo che ti dico giù). Se non la trovi magari è perchè la sequenza che ti è capitata corrisponde ad una parte interna dell'intero mRNA quindi l'AUG non lo trovi.
un'altra nota che volevo farti è che se hai a che fare con DNA o cDNA hai da leggere due filamente, ciascuno dei quali 3 volte, sempre secondo la direzione 5'-->3', quindi li leggerai in modo opposto. In più il DNA ha anche gli introni, quindi dovrai cercare anche i segnali di splicing, ma non credo sia il tuo caso se è un esame del secondo anno di uni.
METODO:
5'CAGCAUGCAACGGUCGACUGCGACUGAUUAA 3'
di questo filamento considera i primi 3 nucleotidi. Leggi il filamento in triplette, partendo dal primo nucleotide (1° METODO) e ricerca l'AUG e a seguire da questo uno STOP e mettilo da parte;
Leggi il filamento partendo adesso dal secondo nucleotide e cerca AUG e STOP e mettilo da parte(2° METODO); Leggi il filamento partendo dal terzo nucleotide e cerca AUG e STOP (3° METODO)
LETTURA:
1 MODO) CAG-CAU-GCA-ACG-GUC-GAC-UGC-GAC-"UGA"-UUA-A (qui c'è solo uno stop, quindi niente orf)
2 MODO) C-AGC-"AUG"-CAA-CGG-UCG-ACU-GCG-ACU-GAU-"UAA" (questa sembra una buona Orf: abbastanza lunga e completa del suo AUG e STOP, ma prima di dirlo aspetta sempre di leggere anche con l'ultimo modo)
3 MODO) CA-GCA-UGC-AAC-GGU-CGA-CUG-CGA-CUG-AUU-AA (qui nessuna ORF)
In definitiva l'unica ORF plausibile è la 2, con il secondo modo di lettura, cioè partendo leggere dal secondo NT.
Spero di essere stata chiara. Fammi sapere se hai problemi e in bocca al lupo |
Se ti tramuti in qualcosa di più di un semplice uomo, se consacri te stesso a un ideale e se nessuno riesce a fermarti allora diventerai una leggenda! |
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identificare esoni e introni
