Promoter e fattori trascrizionali

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farmacologia
Nuovo Arrivato

100 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2009 : 20:54:13

Salve, potreste aiutarmi ancora?
dal link sotto è possibile ricavare il o i promoter ed i fattori trascrizionali?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_002507?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_ResultsPanel.Sequence_RVDocSum
grazie e volevo comunicarvi che sto imparando molto con voi.

GFPina
Moderatore

Città: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2009 : 23:41:02

Esistono dei programmi che ti permettono di cercare i possibili promotori e le sequenza "dove si legano" i fattori trascrizionali (non i fattori trascrizionali in sé che non ha senso). In sostanza esistono delle sequenze più o meno conservate a cui si può legare ogni fattore trascrizionale, ovviamente il fatto che ci sia quella sequenza non ti assicura al 100% che veramente quel fattore si leghi.
Purtroppo però io non so aiutarti molto perchè analisi di promotori non ne ho mai fatte, ma qualche Bioinfo conoscerà sicuramente i programmi.

kk74
Nuovo Arrivato

23 Messaggi

Inserito il - 07 ottobre 2009 : 08:16:50

Non sono molto pratica, ma quello che hai indicato è il link che ti permette di vedere l'mRNA. Per individuare il promotore devi andare in "search" e selezionare GENE poi "for" e digitare NGFR e vedrai che in basso ti dice che il gene va da 47572655 a 47592372. a questo punto sai che il promotore è a monte di 47572655. vai in sequence viewer e cerchi la sequenza da quel punto fino a circa 1 Kb prima. poi lì devi vedere un pò tu cosa fare. Non ho mai studiato i fattori trascrizionali. penso ci sia un programma che individui le sequenze per tali fattori. mi dispiace ma altro non so dirti.