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 significato molecolare della palindrome
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viggy
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41 Messaggi

Inserito il - 05 novembre 2012 : 12:31:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di viggy Invia a viggy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao ragazzi! mi è venuto un dubbio... qual'è il significato della palindrome? o meglio... PERCHE' LE PROTEINE SI LEGANO PREFERIBILMENTE A SEQUENZE PALINDROMICHE? c'è una ragione?

grazie a tutti, un saluto

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi

Inserito il - 05 novembre 2012 : 19:49:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bella domanda! Non so se è la risposta giusta, ma me ne vado per un'idea

Questa è la palindrome:
5'-AAATTT-3'
3'-TTTAAA-5'


Questo è l'enzima

>>>>


tridimensionalmente la palindrome è identica se vieni da destra o da sinistra, quindi:

   >>>>
5'-AAATTT-3'
3'-TTTAAA-5'


o

5'-AAATTT-3'
3'-TTTAAA-5'
     <<<<

Quindi la palindrome è vista tridimensionalmente dall'enzima come la stessa sequenza...
Inoltre non tutte le proteine vedono palindromi, ad esempio il fattore di trascrizione NF-kB vede la sequenza
5'GGGACTTTCC-3
che non è una palindrome (anche perchè la trascrizione è direzionale, quindi è giusto che sia così)

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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Geeko
Utente

Ctenophor1.0

Città: Milano


1043 Messaggi

Inserito il - 05 novembre 2012 : 21:36:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Geeko Invia a Geeko un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Molti fattori di trascrizioni non legano il DNA come molecole solitarie ma spesso formano degli omo o etero-dimeri in cui ciascun monomero contribuisce al legame al DNA riconoscendo proprio una metà della sequenza palindromica grazie alla sua simmetria interna.
Forse quindi anche questo aspetto rende le sequenze palindromiche particolarmente "appetibili".


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