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mikkc
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 Inserito il - 27 aprile 2020 : 21:09:02
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Ciao a tutti,
sto analizzando (tramite un elaborato in python) la interazione proteica, e dopo aver studiato/analizzato il network, vorrei studiare per ciascun enzima la cinetica entimatica tramite l'equazione di Michaelis-Menten ma ho dei dubbi.
Come ricavare Vmax e km? valori che passo alla funzione al momento del calcolo. Ho letto da qualche parte che i valori sono specifici per ciascun enzima ma come faccio se ho almeno 300 proteine se va bene?
Considerando che il file che carico è sempre diverso, come posso fare?
Ho preso V = Vm*x/(x+km) dove x è il substrato
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mikkc
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11 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2020 : 01:05:03
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Studiando un pò qua e la ho trovato questa informazione: km e Vmax si calcolano mediante il piano di Lineweaver e Burk, o doppi reciproci, (interpolazione dei dati a mezzo della regressione lineare).
Ora, quali dati devo considerare? Ho effettuato la sola analisi del network.
Qualcuno mi sa consigliare?
Forse a questo punto, si tratta più di Biotecnologie che di Biochimica?
Pardon, sto studiando ora questa parte ma non mi occupo di biologia e mi farebbe comodo una guida.
E' il primo elaborato di analisi network che creo. La interazione proteica mi interessa molto e mi piacerebbe approfondire ma avrei bisogno di qualche dritta su come utilizzare i dati a disposizione.
Grazie |
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Aniluribs
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2 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2020 : 17:04:25
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Non sono proprio dell'ambiente ma sto dando in questo periodo l'esame di biochimica e vorrei provare a darti degli spunti.
Potresti considerare che la Vmax corrisponde alla velocità di catalisi nel momento in cui abbiamo la completa saturazione dell'enzima, mentre la Km è in relazione con V/2, ciò può rapprentare la concentrazione di substrato per il quale si ha l'enzima per metà saturato, che catalizza la reazione a metà della velocità massima. Per cui ad esempio si trovano anche grafici che mettono in relazione la saturazine dell'enzima con la pressione parziale di O2 ("concentrazione" di ossigeno).
Oltretutto la cinetica di Michaelis-Menten non si può applicare ad enzimi allosterici (ma solo a quelle catalisi enzimatiche che possono essere assimilate a reazioni del primo ordine - perchè si assume che la costante cinetica di formazione del prodotto sia quella che limita la velocità di reazione e che la costante di formazione del complesso enzima-substrato sia trascurabile.)
Spero che queste considerazioni ti siano di aiuto
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mikkc
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11 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2020 : 17:08:51
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Citazione:
Messaggio inserito da Aniluribs
Non sono proprio dell'ambiente ma sto dando in questo periodo l'esame di biochimica e vorrei provare a darti degli spunti.
Potresti considerare che la Vmax corrisponde alla velocità di catalisi nel momento in cui abbiamo la completa saturazione dell'enzima, mentre la Km è in relazione con V/2, ciò può rapprentare la concentrazione di substrato per il quale si ha l'enzima per metà saturato, che catalizza la reazione a metà della velocità massima. Per cui ad esempio si trovano anche grafici che mettono in relazione la saturazine dell'enzima con la pressione parziale di O2 ("concentrazione" di ossigeno).
Oltretutto la cinetica di Michaelis-Menten non si può applicare ad enzimi allosterici (ma solo a quelle catalisi enzimatiche che possono essere assimilate a reazioni del primo ordine - perchè si assume che la costante cinetica di formazione del prodotto sia quella che limita la velocità di reazione e che la costante di formazione del complesso enzima-substrato sia trascurabile.)
Spero che queste considerazioni ti siano di aiuto
Ti ringrazio! Ti ho risposto in privato |
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mikkc
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11 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2020 : 17:16:29
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Stavo notando che forse il mp non ti è arrivato.
Dicevo... che... ti ringrazio ma approfondendo l'argomento credo sia più utile nel mio caso la equazione di hill per le reti multienzimatiche dal momento che ho a che fare con proteine kinasi e fosfatasi (proteine umane)
Ora, prendendo in esame l'equazione hill = Vmax*(S^n)/(K^n + S^n)
Non mi è ben chiara come risalire a questi valori, se devo calcolare l'equazione per l'intera rete o per ciascuna proteina, o ciascuna interazione.
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Calcolare km e 
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