DNA genomico su gel di agarosio

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eppy
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2012 : 18:22:21

salve ho 1 problema e ci sto sbattendo troppo la testa... giorni fa ho eseguito 1 estrazione di DNA genomico da lievito e ho letto al nanodrop... letture ottime e rapporti buoni... insomma ero proprio contenta... alch� ho corso il mio campione su gel di agarosio orizzontale all' 1.2% contenente bromuro di etidio ... beh agli uv non si vede nulla! mi aspettavo 1 bella banda in alto ... ma niente .. non si vede nemmeno 1 accumulo nei pozzetti .. ( AVEVO IPOTIZZATO UNA MANCATA MIGRAZIONE PER COLPA DELLA PERCENTUALE DEL GEL) cosa faccio? vi � mai capitato????

zerhos
Utente Junior

Prov.: Pisa
Citt�: Pisa

421 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2012 : 18:55:01

Si, con il DNA genomico pu� capitare!
una volta estratto io gli do una bella agitata prima della lettura al nanodrop, il genomico tende ad'appallottolarsi in maniera tale che non si distribuisce bene nella soluzione acquosa. Quando vai a prelevare i 2 ul per la lettura al nanodrop � possibile che tiri su un grumo intero e dato che il cammino ottico dello strumento � davvero piccolo, ti da una concentrazione spaventosa di DNA quando in realt� non � cos�. Stai attenta!

"l'unica differenza tra me e un pazzo � che io non sono pazzo!"
Salvador.Dal�

roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2012 : 20:59:38

Attenzione al nanodrop! Per il genomico ho osservato una sovrastima di dieci volte rispetto alla quantit� effettiva. Ti consiglio una misurazione con metodo fluorimetrico: riveli solo il DNA e non tutto ci� che ha assorbanza a 260.

eppy
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2012 : 14:01:51

IN EFFETTI A ME SI � ATTACCATO ALLE PARETI ED � STATO DIFFICILE "SCIOGLIERLO" IN 50 MICROLITRI FINALI .. AL NANODROP HO LETTO 1 MICROLITRO DELLA SOLUZIONE STANDO ATTENTA A SPIPETTARE PER BENE ... ANCHE SE LA LETTURA CHE HO AVUTO � SOVRASTIMATA... SU GEL DI AGAROSIO AVREI DOVUTO VEDERE QUALCOSA ? PU� ESSERE CHE LA PERCENTUALE CHE HO USATO (1.2) SIA TROPPO ALTA PER IL GEL? VOI IN QUESTI CASI RIPETETE SEMPLICEMENTE L'ESTRAZIONE?
GRAZIE

roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2012 : 15:47:59

Ma se il tuo pellet � grosso, perch� non risospendere in 100 uL? Io poi lascio a RT overnight per ottenere una soluz pi� omogenea.
Ps: prova 1%, ma non credo sia quello il problema.

eppy
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2012 : 16:15:26

il pellet non era molto ma si � attaccato alle pareti ed � stato difficile risospenderlo per questo motivo.. il metodo fluorimetrico non mi � possibile ..cmq prover� un gel allo 0.8 % ( anch 'io credo nn sia questo) e sicuramente ripeter� l estrazione risospendendo alla fine in un volume maggiore.
grazie

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