cosi' a naso direi che quello analitico ti serve per verificare un dato biologico e quello preparativo per preparare un campione (tipo digestione enzimatica di un plasmide in due bande, corsa su gel ed estrazione di uno dei due frammenti dall'agarosio). Ma non ho mai sentito questi due nomi prima d'ora o, se l'ho fatto, non vi ho dato importanza;)
In un gel analitico guardi ad es. se c'č una certa banda, poi butti il gel.
In un gel preparativo recuperi la banda (tagliando il cubettino di gel in cui sta la tua banda di interesse), per poi successivamente purificarla (es. per mandarla a sequenziare o farci sopra altre cose).