Forum

Nome Utente:
Password:
Riconoscimi automaticamente
 Tutti i Forum
 MolecularLab
 Biologia Molecolare
 ChIP on chip e amplificazione
 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'è:

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

zerhos
Utente Junior

ZERHOS
Prov.: Pisa
Città: Pisa


421 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2009 : 20:37:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di zerhos  Invia a zerhos un messaggio ICQ Invia a zerhos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ho un dubbio sulla chip

una volta che abbiamo purificato il frammento di DNA possiamo analizzarlo tramite PCR-quantitativa o ibridazione su chip

-la PCR giustamente la possiamo usare quando conosciamo(o ipotizziamo) quale sia la sequenza consenso a cui si lega il TF

-quando non lo conosciamo facciamo una chip on chip,ma non credo che la quantità di cromatina precipitata e purificata sia sufficiente per farla ibridare,dovremmo amplificarla....

cosa facciamo?mettiamo dei tag al 5' e al 3' e amplifichiamo per PCR,
ma come?. Questo punto mi rimane oscuro,aiutatemi a fare luce,grazie.

ne approfitto anche per fare questa domanda sul microarray:
i chip dell affymetrix presentano per ogni "feature" un tot di oligo tutti uguali per permettere l'ibridazione e una stessa quantità di oligo differenti solo per una base.questi ultimi servono come misurazione dell'ibridazione aspecifica di fondo......
penso proprio di non comprendere bene questa cosa...

"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 22 giugno 2009 : 23:44:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Rispondo alla prima per ora... sulla seconda mi sembrava ci fosse già qualcosa, ma non so se ricordo male.

Ci sono vari metodi di amplificazione del DNA immunoprecipitato:
- LM-PCR (Ligase mediated PCR)
- Random Primer PCR
- T7 extension
che trovi riassunti e raffigurati qua:
Amplification Methods (da: Microarray Technology Through Applications) vedi pagine 59-60

poi si parla anche di WGA (Whole genome amplification) che in sostanza sono i metodi detti prima e alcune modifiche.
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto è utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-18 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina