Il footprint non identifica la proteina, dice solo che qualcosa è legato. I fattori di trascrizione si legano al DNA in sequenza temporale, quindi forse facendo una cinetica si può risalire al fattore. Anche se io farei un'EMSA: la migrazione del DNA è più accentuata man mano che si aggiungono i TF legati, in questo modo ti rendi conto, nel tempo, di quali sono i fattori che interagiscono in quel dato momento.
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