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Fusariumculmorum
Nuovo Arrivato



5 Messaggi
Inserito il - 22 dicembre 2010 : 11:12:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Fusariumculmorum Invia a Fusariumculmorum un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Chi sa dirmi che cosa significa:

1) sequenziamento genoma
2) assemblamento genoma
3) annotazione genoma

Grazie

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 23 dicembre 2010 : 10:12:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Giusto tre link nell'universo delle informazioni sull'argomento:

1) http://en.wikipedia.org/wiki/Full_genome_sequencing

2) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/model.shtml

3) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/build.shtml
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Fusariumculmorum
Nuovo Arrivato



5 Messaggi
Inserito il - 23 dicembre 2010 : 12:45:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Fusariumculmorum Invia a Fusariumculmorum un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao e grazie tante i link sono ottimi in particolare gli ultimi due della ncbi. Avrei un altra domanda da farti se hai tempo. Io sto studiando Brachypodium distachyon come specie modello del frumento per studi di suscettibilità/resistenza a Fusarium spp. Il suo genoma e seguenziato e assemblato ma non annotato mentre quello del frumento e solo parzialmente sequenziato (credo, www.wheatgenome.org) ma ne assemblato ne annotato. Che cosa si può fare una volta che tramite mutanti di B. distachyon io facendo studi di loss of function vedo delle rsiposte differenziali e quindi un eventyuale coinvolgimento di quel gene/geni nell'interazione?

Grazie
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 23 dicembre 2010 : 14:18:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Urka, qui la cosa si complica un attimo. Non sono estremamente ferrato in questo campo pero' ho colleghi che a colazione mangiano pane e assemblies (quindi se te e il tuo gruppo vorreste mettere in piedi un bel progettino ti posso girare un po' di contatti ad es. al PTP - http://www.tecnoparco.org/).

Se invece vuoi una risposta easy io ho provato a guardare sull'assembly di Brachypodium rilasciato con ensembl (http://www.gramene.org/Brachypodium_distachyon). Con il genome browser puoi ricavare un tutte le annotazioni che vuoi e, eventualmente, spostarti successivamente sui geni predetti come ortologhi in altre piante (anche se non mi sembra di aver trovato l'assembly di Triticum).
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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