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laura85
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
 Inserito il - 12 giugno 2006 : 21:33:57
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Ciao a tutti
sono sempre io...questo esame di genomica mi sta facendo impazzire...
volevo chiedervi una cosa...
Le STS servono come punti di riferimento per la costruzione di mappe fisiche, visto che di esse se ne conosce la sequenza e la localizzasione nel genoma umano....ma all'atto pratico come posso essere usate per costruire una mappa fisica???
devono usare sempre il metodo del chromosome walking??
e altra domanda:
mi rispieghereste in modo semplificato come avviene il clone contig approach usato dal consorzio pubblico per sequenziare?
usando il metodo shotgun io sequenzio, inserendoli in plasmidi di sequenza nota, solo l'estremitā dei frammenti di mio interesse giusto?
poi tramote un programma computazionale che mi valuta le sequenzq che si sovrappongono, riescono a riordinare questi frammenti sequenziati...ma come faccio a sapere a che geni corrispondono ? come si fa se uso una mappa fisica???
s
spero di essere stata chiara
ciao a tutti e vi ringrazio di cuore per la vsotra disponibilitā
un grande bacio
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Patrizio
Moderatore
Cittā: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 12 giugno 2006 : 23:27:15
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| devi prima ricavarti i primer e cioe' il DNA cromosomico viene clonato in modo casulale in un vettore M13 da cui ricavare i primer, quando trovi 2 cloni con una STS vai a sceenare con la PCR le librerie e costrisci le mappe fisiche overlappando i frammenti e via via formi i contigui |
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laura85
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 13 giugno 2006 : 10:38:25
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non ci sono uffa |
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chick80
Moderatore
Cittā: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 13 giugno 2006 : 11:36:16
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Forse ti manca un punto importante:
sequenziare il genoma NON vuol dire vedere dove sono i geni, ma semplicemente che sequenza di basi ha il DNA. Poi per trovare dove sono i geni puoi a) cercare da sequenze note trovate in altro modo e b) credo ci siano programmi che trovano sequenze di geni putativi, ma non so quanto siano buoni (forse dallolio_gm ci puo illuminare). |
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laura85
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 13 giugno 2006 : 13:03:30
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si ok ci sono....ma io mi riferisco al metodo shotgun.....
io sequenzio le estremitā dei frammenti di mio interesse e poi li tramite programmi computazionali ri riordino (assemblaggio di frammenti sovrapposti) giusto fin qui??
una volta che trovo la sequenza di basi che ha il dna....come faccio a sapere che una certa sequenza corrisponde ad un certo gene??
era questa la mia domanda.... |
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laura85
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 13 giugno 2006 : 20:53:30
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nessuno risponde?
vi prego aiutatemi!! |
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fpotpot
Utente
Cittā: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2006 : 19:35:55
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nn lo so.
Cmque c'e' lo Strachan (edizione 2004,ma piu' nuova e' meglio sara') [T.Strachan and A.P.Read] che al capitolo 8 ne parla approfonditamente.
Cmque per sapere a che gene corrisponde una sequenza credo ci si affidi a ricerche per omologia nei data base,come ha detto Chick80,dove ci sono gia' predizione per geni o nei programmi di predizione di esoni.
le sequenze ripetute son molte nel DNA umano e quindi per gli overlaps si son cercate regioni il piu' possibile uniche.
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STS e progetto 
