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kikaspa
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15 Messaggi |
 Inserito il - 09 ottobre 2011 : 19:32:41
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Salve a tutti...vorrei una delucidazione sul legamefosfo estereo nei nucleotidi...a qnt pare tale legame si instaura tra il gruppo -oh in 5'dello zucchero e l' -oh del fosfato...ma qual è l' ossigeno che resta?quello del fosfato,giusto? quindi quando all'interno del nuclotide mi si chiede di indicare quale sia tale legame, dovrei indicare quello tra il ch2-O e non O-P...help me!
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2011 : 12:57:52
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| A quanto ne so invece l'ossigeno del legame fosfoestere deriva proprio dall' -OH dello zucchero, e non dal fosfato dell'ATP (che quindi dona un gruppo -PO3[2-]). Il "nuovo" legame quindi sarebbe quello tra "P" e "O". |
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 18:44:05
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| ti ringrazio per aver risposto, comunque dall'immagine sul libro viene cerchiato l'idrogeno dall'OH dell'acido fosforico e l'OH legato al carbonio in 5' dello zucchero con formazione di acqua che poi esce formandosi il legame. Solo vorrei che qualcuno confermasse con certezza queste mie "supposizioni"... |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 19:55:28
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| Per curiosità, da che libro è riportata l'immagine? |
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 21:24:14
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| quinta edizione di "biologia molecolare del gene" J.Watson, Baker,Bell, Gann,Levine, Losick ediz Zanichelli pag 98... |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 21:41:15
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L'ossigeno incorporato nel filamento in crescita è l'ossigeno dell'ossidrile in 5'C del deossiribosio. Questo infatti opera un attacco nucleofilo sul fosforo, povero di elettroni per via del forte effetto elettroattrattore dei ben 4 atomi di ossigeno che lega. Come in ogni buona reazione di sostituzione (nucleofila), c'è un gruppo uscente. Questo è il pirofosfato, che saluta il resto della molecola portando con se l'ossigeno in questione.
Un attacco nucleofilo in senso inverso non avrebbe molto senso.
Comunque:
E qui il sito da cui l'img è tratta: http://chemistry.umeche.maine.edu/CHY431/Code2a.html
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So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 21:47:21
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anche io, come Geeko, mi ricordavo dell'attacco nucleofilo dell'OH dello zucchero al fosfato alfa del nucleotide che viene aggiunto. Dalla reazione si forma il legame fosfoesterico + un gruppo pirofosfato. Dell'acqua sinceramente nn ricordo che viene formata. sulla rete ho trovato questo a supporto:
http://commons.wikimedia.org/wiki/File:DNA_synthesis_EN.png
Sarei comunque curioso di vedere la figura a cui ti riferisci. |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 21:52:11
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| Concordo, come scritto sopra si libera pirofosfato, che quindi viene idrolizzato da una pirofosfatasi in due molecole di fosfato. A spese di una molecola di acqua. |
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 22:31:37
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| no,scusate forse nn mi sono ben spiegata...io nn parlo dell'attacco nucleofilo che l'oh in 3' dello zucchero compie sul fosfato in alfa in 5'sul nucleotide da aggiungere durante l'allungamento della catena, ma parlo proprio del fosfato in alfa legato al nucleotide.Base azotata più zucchero mi da il nucleoside che diventa nucleotide se si lega l'acido fosforico.E' di questo legame che io parlo...legame del nucleotide, non legame tra nucleotidi... |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 22:45:58
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| Ti giuro, sarò stanco, ma non ti seguo... |
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2011 : 23:07:13
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ok, credo si riferisca alla nucleoside chinasi (tipo adenosina chinasi, timidina chinasi ecc ecc). non ho trovato nessuno schema sulla rete (ma nn ho cercato approfonditamente), a parte questa figura
Immagine:
6,37 KB
credo comunque che il meccanismo di reazione sia simile a quello descritto per l'allungamento della catena nucleotidica: attacco dell'OH sul P (quindi l'Ossigeno deriverebbe dall'OH del nucleoside). |
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 00:20:17
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ma qualcuno riesce a trovare il libro di cui parlo e vedere l immagine?se la trovo ve la posto io...xk voi dite una cosa, e siete anche in tanti, ma sul libro vedo altro e ciò genera ancora più confusione...spemann organizer ha centrato il concetto, ma sul libro, appunto, fa derivare la molecola d'acqua liberata dall'oh dello zucchero e l'H dall'acido fosforico, o almeno è ql che capisco io vedendoli cerchiati così...uffi...      |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 00:42:59
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Trovati in biblioteca un libro di Biochimica. Lehninger o Stryer trattano profusamente l'argomento.
Nonostante la qualità del testo che stai consultando possa essere elevata, per dettagli biochimici a mio avviso è sempre meglio far riferimento a libri più orientati verso la chimica. |
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 08:56:38
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| Ricordo bene che sul Lehninger c'è un'intero paragrafetto che spiega proprio la questione "ma di chi era quell'ossigeno?" riportando risultati di esperimenti con un isotopo 18 dell'O (mi pare)...dai anche un'occhiata lì. Il dubbio che hai tu è sempre legato a una fosforilazione mediata da una chinasi...non è un caso particolare. |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 11:06:35
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| intanto potresti dirci su quale libro hai trovato questa immagine? |
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 19:41:56
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| ho menzionato sopra il libro di cui parlo, purtroppo nn ho modo di copiare qui l'immaginea cui mi riferisco, ma giusto x aumentare il mio stato di confusione ho trovato questo http://www.federica.unina.it/medicina-e-chirurgia/biochimica/struttura-e-funzione-dei-nucleotidi/ nella figura riportata l'ossigeno sembra appartenere al nucleoside...poi, guardando e ascoltando il video, compare un'altra immagine (al min. 2:43 ) e testuali parole "LA PARTE IN ROSA INDICA LA PORZIONE NUCLEOSIDICA" ed è evidente da qsta immagina che la parte in rosa nn comprende l'ossigeno. Ora...che pensare? |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 19:54:27
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Citazione:
Messaggio inserito da 0barra1
Trovati in biblioteca un libro di Biochimica. Lehninger o Stryer trattano profusamente l'argomento.
Nonostante la qualità del testo che stai consultando possa essere elevata, per dettagli biochimici a mio avviso è sempre meglio far riferimento a libri più orientati verso la chimica.
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:09:13
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lo so...il problema è che nn sono a casa mia x poter consultare il mio libro di biochimica, e nn sono in facoltà x potermi recare in biblioteca...sono fuori, in un paesello sperduto tra l'altro, e ho con me solo appunti , 2 testi di biologia molecolare e internet...speravo nel vostro aiuto xk questi due libri cadono molto in contraddizione riguardo l'argomento...vi ringrazio cmq x l'impegno
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:10:37
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Citazione:
Messaggio inserito da kikaspa
no,scusate forse nn mi sono ben spiegata...io nn parlo dell'attacco nucleofilo che l'oh in 3' dello zucchero compie sul fosfato in alfa in 5'sul nucleotide da aggiungere durante l'allungamento della catena, ma parlo proprio del fosfato in alfa legato al nucleotide.Base azotata più zucchero mi da il nucleoside che diventa nucleotide se si lega l'acido fosforico.E' di questo legame che io parlo...legame del nucleotide, non legame tra nucleotidi...
Scusa non capisco bene il cosa ti angoscia. Vuoi sapere qual'è il legame fosfoestereo in un nucleotide?
O
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R - H2C-O"-"P-
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il legame fosfoestereo è quello racchiuso fra le virgolette (""), ovvero il legame fra la funzione ossidrilica ROH dello zucchero e la funzione acida PO4(3-)
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kikaspa
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15 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:15:11
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si,era quello che desideravo sapere...grazie! |
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:18:26
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| hehehe 0barra1 sei tutto immagini e distintivo prrrrrrrrrrrrrr:D |
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:26:35
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scusami martin visto che ci sei potresti allo stesso nodo indicarmi tra virgolette i legami fosfoanidridici nel nucleotide trifosfato? |
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:30:45
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MA hai dato organica?
Federicaelearning? sei a napoli?
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R-O-P-O"-"P-O"-"P-O
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Tu già che ci 6 potresti insultare 0barra1 :D |
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kikaspa
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:38:19
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| bene, mi fa piacere aver azzeccato almeno questi...organica come biochimica l'ho data un pò di tempo fa e nn la "pratico " quotidianamente anche xk ho ripreso gli studi da poco...e non ho appunti sottomano! x qnto riguarda 0barra1 è stato tanto gentile, come gli altri d'altronde almeno ad interessarsi e darmi degli ottimi consigli che nn ho potuto mettere in pratica, e ho apprezzato! cmq no, sono a lecce, nn napoli...quel link era una delle tante pagine che ho consultato su internet. grazie ancora cmq |
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2011 : 20:40:50
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| Prego. Buona fortuna con gli esami, Obarra1 è un tipo in gamba, io scherzo, lui lo sa |
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legame fosfoestereo nei 
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