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cicchi
Nuovo Arrivato
57 Messaggi |
 Inserito il - 26 ottobre 2012 : 19:35:25
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Conoscete un sito in cui è possibile allinaere la sequenza nucleotidica di due geni per vedere quanto sono omologhi?
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2012 : 20:03:13
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| è vero che similarità molto spesso non corrisponde ad omologia, tuttavia con due sequenze dubito che si possa trovare qualcosa, se ne avessi di più potresti provare con software per la costruzione di alberi filogenetici |
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cicchi
Nuovo Arrivato
57 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2012 : 20:43:09
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Grazie per il sito ma purtroppo non ha riscontrato alcuna omologia tra le due sequenze nucleotidiche dei due geni che ho messo a confronto.
Ti spiego la situazione così magari mi puoi chairire un pò le idee:
ho trovato scritto in un articolo che ho letto per la mia tesi che il microorganismo G. polyisoprenivorans VH2 (il cui genoma è costituito da un cromosoma e da un plasmide) presenta 2 geni lcp OMOLOGHI localizzati uno sul plasmide e uno sul cromosoma. Le proteine che essi codificano hanno la stessa funzione e hanno un'omologia amminoacidica del 60%.
Il mio prof. mi ha chiesto (quando ancora non aveva letto la tesi)se si tratta di omologia o di analogia e quanto questi due geni sono omologhi!!
Mi puoi aiutare?
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2012 : 23:37:17
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Io risponderei in questo modo,se sul paper è scritto che hanno un'omologia del 60% ..vuol dire che sono omologhi, le proteine hanno un'omologia del 60% mentre per le sequenze fai un blast two sequences e vai a vedere che percentuale di similarità hanno.
credo che non sia semplice stabilire se 2 geni siano simili per omologia o per per "casualità" |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 27 ottobre 2012 : 14:37:01
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Scusate la pignoleria ma credo che si stia facendo un po' di confusione.
In primo luogo l'omologia NON è una misura quantitativa, dire che "due sequenze sono omologhe al 60%" è concettualmente errato. Due sequenze sono omologhe o non omologhe, punto e basta. Uno dei criteri per stabilire se un coppia di sequenze sono omologhe è il grado di similarità. Non credo che esistano regole ben definite, ma solo rule of thumb.
In genere, per allestire modelli di omologia viene richiesta una identità di almeno il 30% e un Evalue inferiore a 1E-5 quando fai un Blast.
Parlare di analogia invece è un concetto che trascende la similarità di sequenza. Due sequenze potrebbero non essere omologhe ma comunque analoghe. In questo caso però dovresti però conoscere gli aspetti funzionali delle proteine codificate dalle sequenze |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
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Inserito il - 27 ottobre 2012 : 14:40:27
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| ah, dimenticavo i valori soglia che ho postato sono riferiti al confronto di due sequenze amminoacidiche (con BLASTp) non nucleotidiche |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 27 ottobre 2012 : 14:52:50
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Sempre riferito a quello che chiedeva cicchi, non hai trovato omologia molto probabilmente proprio perché hai allineato sequenze nucleotidiche. Come sai a causa della degenerazione del codice genetico potresti benissimo avere delle sequenze nucleotidiche piuttosto diverse (alta % di mismatches) a cui però corrispondono proteine con una buona similarità di sequenza e potenzialmente omologhe.
Meglio tradurre le tue sequenze nucleotidiche e fare gli allineamenti tra sequenze aminoacidiche. |
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Sito per allineamento di sequenze 
