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LUomoNero
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 12 febbraio 2010 : 22:05:58
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Salve a tutti. Potreste, per favore, spiegarmi, con calma e pazienza (  ), come risalire al genotipo di individui, conoscendo il loro profilo a marcatori RFLP su gel elettroforetico? Allego una traccia d'esempio. Il testo non si legge bene. Dice: "Dato il seguente gel elettroforetico, ricostruire il genotipo degli individui dal loro profilo a marcatori RFLP". Grazie mille!
Immagine:
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Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato
60 Messaggi |
Inserito il - 13 febbraio 2010 : 11:08:34
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Guarda, così a occhio innanzitutto azzarderei a dirti che i campioni 1 e 3 (partendo a numerare da sinistra) sono i parentali dell'organismo centrale che è in stato di eterozigosi.
Assumendo di aver effettuato un'amplificazione con dei primer specifici che ci forniscano su gel una sola banda da 600bp per ogni genotipo e di aver trattato con un enzima di restrizione (ammettiamo che sia EcoRI) allora l'immagine che ho messo di seguito dovrebbe essere la soluzione.
Nell'immagine ho messo:
- il genotipo 1 che è in stato di omozigosi amplifica l'unico allele che possiede, ovvero quello con un solo sito EcoRI-A a monte e che genera i frammenti da 100bp e da 500bp.
- il genotipo 3 è anch'esso in stato di omozigosi e come prima amplifica l'unico allele che possiede, ma che però possiede sia il sito EcoRI-A a monte che il sito EcoRI-B a valle che genera il solito frammento da 100bp + due frammenti da 250bp l'uno che sono poi la banda da 500bp generata sopra che viene tagliata a metà.
- Il genotipo 2 è possibile, a questo punto, solo se il genotipo dell'individuo porta entrambi gli alleli. Uno uguale ad 1 e l'altro uguale a 3.
Da questo almeno possiamo ipotizzare che 1 e 3 sono genitori di 2 (certo con degli RFLP non ci fare un test di paternità!  ).
A chi ti ha proposto l'esercizio puoi comunque criticare il fatto che non abbia disegnato il ladder e l'interpretazione è davvero un pò arbitraria. Tra l'altro, se la mia soluzione fosse giusta dovremmo osservare nell'individuo 2 una maggiore intensità della banda più bassa da 100bp poichè se ne genera di più rispetto alle altre.
Spero di averti aiutato! |
Tutto ciò che esiste ed è in questo mondo,
sommi spiriti dei cieli, sommi spiriti della terra,
ogni cosa esista come deve.
Or ora così sia norma!
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LUomoNero
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 13 febbraio 2010 : 12:28:37
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| Perfetto, grazie! Non avevo capito bene come classificare gli individui omozigoti ed eterozigoti in base ai tagli che si evidenziano in elettroforesi. La tua risposta è stata più che esauriente! Quindi se insieme al pattern elettroforetico avessimo anche un albero genealogico, potremmo definire la modalità di trasmissione di quel carattere, vero? Grazie ancora e buon fine settimana! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 13 febbraio 2010 : 18:28:20
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Beh si vede veramente male l'immagine, comunque potrei anche concordare con le critiche di Soshi Fujiwara:
Citazione:
A chi ti ha proposto l'esercizio puoi comunque criticare il fatto che non abbia disegnato il ladder e l'interpretazione è davvero un pò arbitraria. Tra l'altro, se la mia soluzione fosse giusta dovremmo osservare nell'individuo 2 una maggiore intensità della banda più bassa da 100bp poichè se ne genera di più rispetto alle altre.
ma essendo solo un esercizio a scopo didattico è solo uno schema.
In ogni caso lo standard o meglio la "lunghezza" delle bande é segnata a sinistra (anche se scentrata rispetto alle bande.
Indicano dei numeri che non hanno alcun senso in pratica: 2, 4, 6 e 10
ma credo che sia solo per far capire il concetto.
Nella realtà è sicuramente più verosimile un caso come quello indicato da Soshi Fujiwara con le lunghezze espresse in bp e numeri come 100bp, 250bp e 500bp
Però Soshi Fujiwara permettimi una correzione al tuo svolgimento, il ragionamento è corretto ma le due bande che si generano dal sito di restrizione EcoRI-B non possono essere 250bp e 250bp perchè altrimenti migrerebbero assieme e non vedresti 3 bande ma comunque 2!
Facciamo quindi che sono ad es. 200bp e 300bp. 
N.B. in realtà sotto sono anche indicati e genotipi: A/A, A/P e P/P
(A = assenza si sito, P = presenza di sito), quindi in realtà non capisco il senso dell'esercizio visto che dice già la soluzione. 
Citazione:
Messaggio inserito da LUomoNero
Quindi se insieme al pattern elettroforetico avessimo anche un albero genealogico, potremmo definire la modalità di trasmissione di quel carattere, vero?
cosa intendi LUomoNero? Non è un carattere "dominate" o "recessivo" è semplicemente un polimorfismo. Poi si potrebbe dire anche dire che è autosomico.
Esistono comunque anche alberi dove sono segnati i marcatori polimorfici. |
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LUomoNero
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 13 febbraio 2010 : 22:50:30
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Citazione:
in realtà non capisco il senso dell'esercizio visto che dice già la soluzione
In realtà io non l'avevo capito nemmeno io 
Citazione:
cosa intendi LUomoNero? Non è un carattere "dominate" o "recessivo" è semplicemente un polimorfismo
Intendevo dire che, una volta risaliti al genotipo, dopo aver analizzato il profilo a marcatori RFLP, qualora avessimo a disposizione un pedigree riferito ad un carattere particolare, potremmo conoscere come quel carattere segrega. Sbaglio? Grazie anche a te, GFPina! |
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LUomoNero
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 13 febbraio 2010 : 22:53:54
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C'è un "io" in più...pardon |
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Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato
60 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2010 : 20:54:18
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Citazione:
Però Soshi Fujiwara permettimi una correzione al tuo svolgimento, il ragionamento è corretto ma le due bande che si generano dal sito di restrizione EcoRI-B non possono essere 250bp e 250bp perchè altrimenti migrerebbero assieme e non vedresti 3 bande ma comunque 2!
Facciamo quindi che sono ad es. 200bp e 300bp.
--> Più che d'accordo!! \me sbadato!
Citazione:
Intendevo dire che, una volta risaliti al genotipo, dopo aver analizzato il profilo a marcatori RFLP, qualora avessimo a disposizione un pedigree riferito ad un carattere particolare, potremmo conoscere come quel carattere segrega. Sbaglio?
--> A occhio ti direi di si, in effetti potresti farlo, ma dovresti osservare prima se c'è segregazione tra il tuo carattere e il marcatore RFLP. Intendo dire: il marcatore quanto è associato al carattere di interesse? Se l'associazione è completa (RFLP sul gene che conferisce il carattere) allora non dovrebbero esserci problemi.
GFPina correggimi se sbaglio.. |
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LUomoNero
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2010 : 23:24:39
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Citazione:
Se l'associazione è completa (RFLP sul gene che conferisce il carattere) allora non dovrebbero esserci problemi
Esatto, era quello cui mi riferivo |
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