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leonardovenezia
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
 Inserito il - 20 maggio 2014 : 18:47:14
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salve, mi chiamo leonardo, sono iscritto al secondo anno magistrale allo IUAV di venezia, sto portando avanti un progetto con un mio amico che studia ingegneria nucleare a shanghai. ci servirebbe sapere o avere informazioni in merito a caratteristiche specifiche dell'uomo che lo differenziano dall'ape; dati numerici, quantificabili, poiché dovremmo creare un grafico per poi, successivamente, far fare una scultura alle api. partendo dall'assunto per cui ogni essere vivente ha la struttura del DNA ad elica (correggetemi se sbaglio), qual'è l'elemento che mi dice: questo è uomo, questa è ape? ci servirebbe quindi avere dei dati da poter confrontare, trovare una sorta di elemento discriminante o comune ma in certo qual modo quantificabile. avete delle idee per indirizzarci? o dei dati su cui poter lavorare? abbiamo provato a cercare nel National Center for Biotechnology Information, sappiamo che è stata classificata la sequenza genomica delle api, ma non sappiamo dove e come mettere le mani. ci sareste di grande aiuto!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 21 maggio 2014 : 11:42:27
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Beh, la cosa non è così semplice, ma andiamo per gradi.
Sì, la struttura 3D del DNA è "la stessa" (beh, non proprio, ma evitiamo di entrare troppo nei particolari), ma è la sequenza che cambia.
Per fare un'analogia (che molti hanno fatto prima di me!), è un pochino come avere in mano due libri di autori diversi e cercare di capire chi è chi guardando cosa c'è scritto. Eppure ci sono le stesse lettere in tutti e due, ci sono parole in tutti e due, e frasi in tutti e due. E ce ne sono molte.
Devo dire che la faccenda è piuttosto complessa e forse un buon punto di inizio sarebbe leggere un po' di letteratura a riguardo. Pubmed è sicuramente la migliore fonte per trovare articoli sull'argomento, ma il grosso problema è che se non siete del campo possono risultare piuttosto incomprensibili.
Un esempio è questo paper, dove identificano diverse specie guardando l'RNA mitocondriale (mtRNA) http://www.nature.com/srep/2014/140213/srep04089/full/srep04089.html
Un altro esempio è il DNA barcoding: http://www.barcodeoflife.org/ |
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leonardovenezia
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 22 maggio 2014 : 08:41:37
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grazie per aver risposto, gentilissimo. ho provato a vedere quello che mi hai andato, ovviamente interessantissimo. andando per gradi, a livello metodologico, cosa ci consigli di fare? come agire? come recuperare dei dati?
se hai dei consigli su come procedere, oltre ovviamente allo studio di questo fantastico materiale......
grazie mille del contributo!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 22 maggio 2014 : 10:54:11
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Devo essere sincero, non mi è chiaro a cosa vogliate arrivare di preciso, quindi è un pochino difficile risponderti!
Ciò detto, immagino che a livello pratico, vogliate piuttosto lavorare a livello bioinformatico. Ora, la genetica non è proprio il mio campo, quindi non conosco esattamente i vari database. Credo però che questo abbia molte informazioni utili: http://www.boldsystems.org/ |
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leonardovenezia
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 22 maggio 2014 : 18:08:54
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| ok, provo a spiegarti tutto, così magari hai le idee più chiare. l'idea questa: trovare dei tratti specifici dell'uomo e dell'ape, ad esempio un certo gene specifico caratterizzante, mettere i dati in un grafico ed ottenere una zona d'intersezione, questa forma diverrà poi una scultura fatta fare interamente dalle api. il problema è trovare questi dati, qualcosa specifico dell'uomo e dell'ape. ho visto ad esempio che da poco è stato scoperto un gene (ubx), già codificato, che stabilisce se un'ape sarà regina o operaia. questo è quanto vorremmo fare, creare una scultura che sia il risultato di un'intersezione di un tratto specifico dell'uomo con un dell'ape, a livello genetico si intende. quindi c'è il problema di capire cosa, e come ottenere dei dati. |
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leonardovenezia
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 22 maggio 2014 : 18:38:05
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| ad esempio, non esiste un softwere capace di tradurre in funzione matematica dei codici genetici? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 maggio 2014 : 10:20:48
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Citazione:
ad esempio, non esiste un softwere capace di tradurre in funzione matematica dei codici genetici?
Beh, il fatto è che non esiste di per sè una funzione associata ad un codice genetico.
Certo, puoi definire tu delle regole arbitrarie e scrivere un codice nel linguaggio che più ti piace (Python o R+Bioconductor potrebbero essere una buona scelta per cose del genere) che genera queste funzioni matematiche. Puoi creare una specie di "alfabeto" dove ogni tripletta, invece di codificare un aminoacido codifica una certa operazione matematica, perchè no. Ovviamente sarebbe un puro esercizio artistico senza significato biologico (ma potrebbe sicuramente essere bello).
Poi, su come far fare una scultura a delle api non metto bocca...  |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
 Inserito il - 23 maggio 2014 : 11:12:35
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 Scritto da MolecularLab Mobile
Ciao! La vostra è un'idea pazza ma interessante!
Quando parli di intersezione grafica tra un carattere genetico umano e uno di ape però devi tenere conto del background evoluzionistico che sta dietro e che è causa delle differenze genetiche tra uomo e ape. Quindi intanto se fossi in te non penserei ad una intersezione, quanto invece ad una "divergenza", una retta che si biforca ad un certo punto. A livello grafico mi rifarei ad un albero filogenetico ecco. Considera che, ad esempio, prendendo uno delle migliaia di geni umani è possibile "andare a ritroso nel tempo" fino ad un corrispondente gene ancestrale, appartenuto ad un organismo nostro lontanissimo predecessore, il quale era però anche il predecessore delle odierne api. Se tale gene non è andato perso nelle centinaia di milioni di anni di evoluzione che ci separano dalle api, puoi trovare il gene "moderno" di ape corrispondente a quello stesso gene ancestrale che ci accomunava e ci accomuna tutt'ora a loro. |
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leonardovenezia
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 23 maggio 2014 : 12:48:00
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grazie della vostra gentilezza!
sarebbe davvero interessantissimo provare a fare come dite, andare a ritriso ecc, m sembra uno sforzo non solo di ricerca filogenetica (chiamiamola così?), ma anche a livello antropologico. ma come fare? per il discorso di far fare una scultura alle api sembrerebbe facile, ma in realtà è molto complesso ma stiamo lavorando con un apicoltore. per il discorso nostro specifico, non essendo del campo, non saprei davvero dove mettere le mani! non conosco ovviamente il linguaggio Python o R+Bioconductor, avevo sentito parlare di un softwere di nome GINsim, ma davvero non sappiamo come iniziare, ci servirebbe una grossa mano, anche perché dovremmo presentare il lavoro, se tutto va bene, a fine giugno a milano o vicenza, vi lascio immaginare i tempi 
come fare? qual'è il modo più semplice e concreto per agire? potete darci un'ulteriore mano con un ulteriore sforzo?
non essendo il nostro campo, lavorando io in arti visive e filosofia ed il mio amico in ingegneria nucleare siamo un po' sprovvisti!
grazie ancora dell'aiuto, ci abbiamo messo all'incirca 2 mesi per trovare un apicoltore che ci desse una mano e a cui interessasse il discorso! |
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leonardovenezia
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 25 maggio 2014 : 11:36:45
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siamo andati a vedere ad esempio nel sito del National Center for Biotechnology Information, ma non riusciamo a capire come prelevare i dati, di un singolo gene o di un certo cromosoma.
questo è il link specifico per l'apis mellifera (l'ape comune da miele)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/48 |
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