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selenaddict
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60 Messaggi |
 Inserito il - 09 settembre 2014 : 13:39:46
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cari colleghi mi avete aiutato molte volte in questi anni ma ho di nuovo bisogno di un aiutino da chi ne sa più di me...
parliamo di epigenetica, cosa fareste voi per studiare l'ordine con cui intervengono delle modificazioni istoniche durante un processo di silenziamento? in particolare l'ordine e la relazione che esiste tra la metilazione del DNA e le modificazioni istoniche? la situazione è un pò controversa perchè la metilazione del DNA non co-localizza con alcuna modificazione ( H3K4 è demetilato, H3K27 è DEMETILATO, H3 in generale è deacetilato, rimane il dubbio su H3K9)...
la mia idea , forse un pò semplice è quella di prendere un gene noto dove è nota la fase in cui è silenziato e metilato sui CpG del suo promotore e analizzare lo stato di metilazione e le modificazioni istoniche ( tramite ChIP) di quel gene nelle fasi precedenti il silenziamento, ad ex il gene è completamente silenziato e metilato ( verificando lo stato di trascrizione) in fase embrionale E6,5 ( topo), io vado a prendere 4 o 5 momenti che precedono l E6,5 per vedere se comprare prima la metilazione del DNA o particolri modificaizoni istoniche e per vedere che gruppi chimici ci sono sugli istoni prima che compaia la metilazione del DNA...
scusate se mi sono dilungata, ma cosa ne pensate voi??
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DS
Nuovo Arrivato
22 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2014 : 14:58:44
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| Probabilmente ho una conoscenza pari od inferiore alla tua sull'argomento, però credo che la tua sia una buona idea. La potresti fare sia per un numero ristretto di geni, sia a livello omico dove abbineresti array per il profilo di espressione, ChIp e analisi della metilazione del genoma su campioni presi in varie fasi dello sviluppo. Una domanda logica potrebbe essere: se blocchi un meccanismo, per esempio un certo grado metilazione degli istoni, che succede alle CpG islands di alcuni geni? quandi inizierei magari a ragionare sull'esistenza di inibitori non troppo "sporchi", su qualche siRNA/CRISPR per spegnere qualche gene deputato alla metilazione. Questo magari dipende anche dai modelli che usi (anche cellule?) e da quali geni studi. |
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selenaddict
Nuovo Arrivato
60 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2014 : 15:43:14
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grazie DS, alla fine ci ho pensato in queste ultime ore e penso che se la domanda è in che ORDINE avvengono delle modificazioni istoniche è ovvio che l'unica cosa è guardare a diversi intervalli di tempo le modificazioni che compaiono sugli istoni ( anche se aihmè sono tanteee),
poi per rispondere alla domanda se sono DIPENDENTI/INDIPENDENTI cercherei di impedirei alcune modificazioni ( ad ex TRIMETILAZIONE di H3K9) per vedere se le metiltrasnferasi sono reclutate lo stesso e la metilazione del DNA avvine lo stesso... grazie per la conferma DS, se qualcuno ha suggerimenti/correzioni mi farebbe piacere sentirle... |
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DNA methylation e modificazioni istoniche
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