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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
 Inserito il - 11 ottobre 2012 : 23:35:58
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Ciao :D
vi presento un altro dubbio circa la sintesi proteica: per uno stesso amminoacido, possono esistere più tRNA con uno stesso anticodone?
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Istintivamente, si potrebbe pensare di no. Ossia, è vero che "per uno stesso amminoacido, possono esistere più tRNA" - il fatto che ci siano numerose triplette è un chiaro indizio.
Per la verità, il fatto che ci siano 61 codoni, non significa che ci siano 61 tRNA con altrettanti anticodoni complementari - però di sicuro ce ne son più di 20, quindi è lecito aspettarsi che ci siano più tRNA per uno stesso amminoacido.
Tuttavia, mi sembrava strano che "potessero esistere più tRNA con uno STESSO anticodone". Mi sarei appunto aspettato che i vari tRNA presentassero comunque degli anticodoni differenti tra loro, specialmente se relativi ad uno stesso amminoacido. Il tutto, indipendentemente dal fenomeno del wobbling.
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Poi però ho pensato alla metionina ed al fatto che, pur essendo il codone sull'mRNA unico [5'-AUG-3'].. che nel tRNA è [3'-UAC-5'], ci fosse una netta distinzione tra il tRNA che lega la metionina "iniziatrice della catena polipeptidica" ed il tRNA che invece porta una metionina "intracatena".
Alla luce di questo, ci sarebbe effettivamente per un qualche amminoacido (la metionina) l'esistenza di più (2) tRNA, caratterizzati dallo stesso anticodone (UAC).
Siete d'accordo con il mio ragionamento oppure ho preso un granchio colossale? 
Un saluto.. Se possibile ed il tempo ve lo permette, fornitemi un parere, grazie! 
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2012 : 11:20:36
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Sì il tuo ragionamento ha senso!
In realtà in E. coli esistono un 80na di tRNA.
Cerco di andare con ordine:
1) codone di inizio: esiste uno speciale tRNA chiamato tRNA iniziatore (tRNAi)che è lega la metionina ma è "diverso" dal tRNA(met) che estende la catena polipeptidica. L'anticodone è lo stesso, visto che entrambi si legano ad AUG, però quello che cambia è la struttura del tRNA che fa si che il tRNAi si leghi al sito P del ribosoma anziché al sito A come fanno gli altri tRNA.
2) wobbling: come giustamente dicevi tu ci sono diversi codoni che codificano per lo stesso AA ma non è necessario che l'anticodone sia esattamente complementare, grazie al wobbling un tRNA con un certo anticodone può riconoscere diversi codoni.
Ad es. questi sono i tRNA per la Glicina:
E' stato stimato che grazie al wobbling ci vogliono circa una 30na di tRNA diversi per riconoscere tutti i codoni.
Finalmente arriviamo al punto della tua domanda: "possono esistere più tRNA con uno stesso anticodone?"
sì in realtà esistono anche quelli, lo stesso tRNA (stesso anticodone) può essere codificato da geni diversi, possono poi essere assolutamente identici oppure differire in altre regioni del tRNA.
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2012 : 14:51:56
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Ciao GFP, grazie davvero della risposta!
Dunque:
Citazione:
1) codone di inizio:
Perfetto, circa la questione del tRNA(i) mi trovo su tutto. Aggiungo, per i curiosi, questa immagine che illustra qualche differenza teorica del tRNA(i) rispetto al tRNA normale. (In verità vi dico che va ben oltre i miei scopi, ma potrebbe tornar utile a qualcuno).
Citazione:
2) wobbling:
Perfetto anche qui. Aggiungo poi che spesso e volentieri, a conferma del fatto che "per uno stesso amminoacido ci siano più tRNA (con anticodoni DIVERSI)".. esistano dei tRNA con un anticodone che presenta una base inusuale.
Faccio un esempio inventato di sana pianta da me: se nell'mRNA c'è 5'-GUA-3' (=Valina), esso può essere letto da un tRNA con 3'-CAI-5', dove I è la base Inosina.
L'inosina (questo non è inventato di sana pianta è scritto sul libro) riesce ad appaiarsi sia ad A, che C, che U. E favorisce quindi indirettamente il fenomeno del wobbling, rafforzando l'ipotesi che quello del wobbling sia un sistema di "risparmio" per evitare di produrre 61 tipi diversi di tRNA.
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Tornando alla questione principale:
Citazione:
"possono esistere più tRNA con uno stesso anticodone?"
sì in realtà esistono anche quelli, lo stesso tRNA (stesso anticodone) può essere codificato da geni diversi, possono poi essere assolutamente identici oppure differire in altre regioni del tRNA.
Mmmh sono sempre un pochettino perplesso, cioè, il fatto del tRNA(i) della Metionina mi risulta molto chiaro e "mi trovo" - non mi trovo invece per eventuali altri casi.
In sostanza, mi stai dicendo che un dato tRNA con uno stesso anticodone (e quindi specifico per uno stesso amminoacido) può esser prodotto da geni diversi e può differire per qualche nucleotide (NON dell'anticodone). Ho capito bene?
Ah beh, se è così, mi fido. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2012 : 19:19:35
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Beh sono contenta che almeno sulla prima parte sia tutto chiaro e tu sia d'accordo, per il resto:
Citazione:
Messaggio inserito da Grön
In sostanza, mi stai dicendo che un dato tRNA con uno stesso anticodone (e quindi specifico per uno stesso amminoacido) può esser prodotto da geni diversi e può differire per qualche nucleotide (NON dell'anticodone). Ho capito bene?
Ah beh, se è così, mi fido.
Sì esatto sto dicendo proprio questo! 
Sappi che:
- i tRNA che legano lo stesso AA (anche se hanno codoni diversi) si chiamano isoaccettori
- i tRNA che "diversi" che presentano lo stesso codone sono detti "isodecoder" ("isodecodificatori" in Italiano???)
Te lo dico per un semplicissimo motivo, hai le parole chiave per farti una ricerca in Pubmed (o anche banalmente in Google)! 
Va beh dopo questo bel messaggio della serie "arrangiati da solo" (dai scherzo ovviamente, non era affatto in senso cattivo!)
ti linko anche un paio di paper interessanti nel caso tu voglia approfondire:
Questo è free:
Diversity of tRNA genes in eukaryotes.
questo purtroppo no e io non ho accesso, ma già nella prima pagina che è in preview ti dice delle cose interessanti.
Gentics of transfer RNA.
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2012 : 20:21:35
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Capperi, grandiosa!
Avevo sentito parlare di "isoaccettori": ossia, che per uno stesso amminoacido ci fossero tRNA multipli, con differenti anticodoni. Un po' come quelli degli esempi di cui abbiam parlato sopra, e della figura che mi hai mostrato per l'amminoacido Glicina.
..Ma non sapevo nulla di questi "isodecoders", ossia, tRNA specifici per uno stesso amminoacido, con stesso anticodone ma diversi tra loro a causa di differenze strutturali nel resto del corpo del tRNA.
Mi hai aperto un mondo, grazie mille.  Cercherò senz'altro qualcosa, ma già solo il fatto che mi abbia fornito questo indizio mi ha fugato ogni dubbio.
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Per un amminoacido, esistono più 
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