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 Rilevazione traslocazione con PCR
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chiaretta
Nuovo Arrivato



10 Messaggi

Inserito il - 01 luglio 2007 : 21:01:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chiaretta Invia a chiaretta un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti
dato che sembrate molto esperti volevo chiedervi se sapete dirmi qualcosa su come si rileva un riarrangiamento cromosomico (traslocazione reciproca in linfoma di burkitt, linfoma follicolare etc)utilizzando la PCR. sono disperata non lo trovo da nessuna parte

grazzzzzie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 01 luglio 2007 : 22:44:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ovviamente è una cosa che varia da situazione a situazione, ma in generale l'approccio che si segue è questo.

La situazione normale è:

------------------  cromosoma 1

xxxxxxxxxxxxxxxxxx  cromosoma 2


Dopo la traslocazione hai


-------------            cromosoma 1*

xxxxxxxxxxxxxxxxxx----   cromosoma 2*


Puoi usare un approccio a 3 primers, due specifici per il cromosoma 1 che siano a cavallo del sito di traslocazione e uno specifico per il cromosoma 2. Ad es:

         -->
------------------  cromosoma 1
               <--
      -->
xxxxxxxxxxxxxxxxxx  cromosoma 2

Quello che succederà sarà:

omozigote negativo

          -->
------------------  cromosoma 1
               <--

       -->
xxxxxxxxxxxxxxxxxx  cromosoma 2


          -->
------------------  cromosoma 1
               <--

       -->
xxxxxxxxxxxxxxxxxx  cromosoma 2


eterozigote

          -->
------------------      cromosoma 1
               <--

       -->
xxxxxxxxxxxxxxxxxx      cromosoma 2

          -->
-------------           cromosoma 1*

       -->
xxxxxxxxxxxxxxxxxx----  cromosoma 2*
                   <--


Omozigote positivo x la traslocazione

          -->
-------------           cromosoma 1*

       -->
xxxxxxxxxxxxxxxxxx----  cromosoma 2*
                   <--

          -->
-------------           cromosoma 1*

       -->
xxxxxxxxxxxxxxxxxx----  cromosoma 2*
                   <--


Quindi, nel caso dell'omozigote negativo vedrai solo una banda di una certa lunghezza.
Nell'omozigote positivo vedrai una sola banda, ma di un'altra lunghezza.
Nell'eterozigote vedrai entrambe le bande.

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chiaretta
Nuovo Arrivato



10 Messaggi

Inserito il - 02 luglio 2007 : 18:38:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chiaretta Invia a chiaretta un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille
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Dea
Nuovo Arrivato

0214_da_duchè

Prov.: Caserta
Città: Casapulla


17 Messaggi

Inserito il - 03 luglio 2007 : 16:14:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dea  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dea Invia a Dea un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La tua spiegazione è stata esauriente, ma hai considerato un caso in cui la trslocazione non è reciproca, nel caso in cui lo fosse, come si procede??

Ransie Biotech
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 03 luglio 2007 : 23:04:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh, l'idea è la stessa. Semplicemente disegna la situazione normale e quella con la traslocazione e poi metti dei primer che ti diano amplificati diversi a seconda della presenza della mutazione o meno.

L'approccio a 3 primers dovrebbe andare bene per qualsiasi traslocazione (ma così su due piedi magari mi sfugge qualche situazione in cui non funziona...)

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