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Discussione |
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kiaracara
Nuovo Arrivato
Prov.: ss
Città: sassari
1 Messaggi |
 Inserito il - 11 ottobre 2008 : 12:33:24
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salve..potreste aiutarmi a capire quali sono le differenze tra un'analisi di associazione a un'analisi di linkage...
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tween20
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2008 : 22:00:15
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Entrambi vengono utilizzati come indagine iniziale per effettuare il mappaggio genetico e la ricerca nel genoma di geni candidati cioè che si presume siano coinvolti nell'insorgenza di diverse malattie. Gli strumenti che si hanno a disposizione sono i loci marcatori polimorfici (microsatelliti, snp, VNTR, geni ripetuti, etc).
Lo studio dei geni candidati viene effettuato attraverso gli studi di associazione (o caso-controllo) e gli studi di linkage. Questi ultimi mirano ad identificare quelle regioni cromosomiche che, all’interno di famiglie, tendono ad essere co-ereditate dagli individui affetti. Il principio dell’analisi di linkage si basa sul fatto che se due geni o marcatori sono vicini nel cromosoma allora essi co-segregheranno perché la probabilità che avvenga una ricombinazione meiotica è bassa, quindi se un marcatore è prossimo ad un gene di suscettibilità questo allele co-segrega con la malattia nelle famiglie. La stima della forza di associazione è valutata da un calcolo probabilistico chiamato LOD SCORE. Il limite principale degli studi di linkage è rappresentato dal fatto che hanno uno scarso potere di risoluzione (indicano una regione contenente potenziali geni di suscettibilità ma non consentono di localizzare tali geni).
Gli studi di associazione verificano l’esistenza di una correlazione tra alleli specifici ed una determinata malattia in una popolazione basandosi sulla comparazione delle frequenze alleliche di varianti geniche polimorfiche nei pazienti e nei controlli sani (popolazione di controllo). Tali varianti comprendono frequenze alleliche e aplotipiche che fanno riferimento ai cromosomi o frequenze genotipiche che si riferiscono agli individui. In generale, un genotipo è positivamente associato con la malattia, o predisponente, quando è presente in maniera significativamente più frequente nei malati rispetto ai controlli (o nei loro cromosomi nel caso di alleli o aplotipi) mentre è negativamente associato, o protettivo, quando è presente in maniera significativamente più frequente nei controlli rispetto ai pazienti (o nei loro cromosomi nel caso di alleli o aplotipi). Gli studi di associazione sono più sensibili degli studi di linkage e richiedono la conoscenza a priori di regioni geniche candidate e quindi implicate nella patogenesi della malattia. La probabilità di sviluppare la malattia in un individuo positivo per l’allele marker rispetto ad un individuo negativo è stimata dall'OR(Odd Ratio)e RR(Rischio Relativo).
Spero che questo ti aiuti a capire la differenza...
Tween20 |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 10 aprile 2009 : 13:41:57
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L’obiettievo dell'anlisi di linkage è quello di identificare le regioni cromosomiche in cui si trovano i geni malattia . Il metodo consiste nel valutare se due loci tendono ad essere ereditati insieme –cioè sono concatenati – a causa della loro vicinanza sul cromosoma .
È utilizzato principalmente per seguire la co-trasmissione da una generazione all’altra .
L’analisi di Associazione si esegue la co-trasmissione da un antenato comune dopo molte generazioni
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Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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elving
Utente Junior
240 Messaggi |
Inserito il - 31 gennaio 2010 : 12:44:23
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riprendo questa discussione...
in pratica, l'analisi di linkage cerca possibili marcatori, mentre l'analisi di associazione serve a dimostrare un'associazione tra polimorfismi (conosciuti)? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2010 : 16:25:50
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Citazione:
Messaggio inserito da elving
riprendo questa discussione...
in pratica, l'analisi di linkage cerca possibili marcatori, mentre l'analisi di associazione serve a dimostrare un'associazione tra polimorfismi (conosciuti)?
Più o meno, ma detto così non mi sembra precisissimo.
L'analisi di linkage serve per trovare l'associazione tra un marcatore (noto) e un locus malattia (non noto), quindi si va a vedere l'associazione tra il marcatore noto e la malattia presumendo che il marcatore sia vicino al "gene malattia" e quindi segreghi assieme ad esso.
È una analisi meno fine in quanto prende in considerazione una regione più vasta di DNA, vai a vedere il marcatore associato al "gene malattia", non il gene direttamente.
L'analisi di associazione invece analizza direttamente un gene noto e di questo si va a vedere i vari alleli se sono più o meno associati con la malattia. |
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elving
Utente Junior
240 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2010 : 17:26:08
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capito! Grazie mille!! |
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netbridge85
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
79 Messaggi |
Inserito il - 25 marzo 2010 : 14:49:49
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Ciao a tutti sto studiando lo stesso argomento e sono un pò tanto confusa sull'argomento studi di associazione.
In poche parole il mio prof ha cercato di spiegare come possiamo scoprire qual sono gli alleli mutati coinvolti in un carattere quantitativo che dà malattia, es. ipercolesterolemia familiare. Ha parlato di Frequenza allelica e genotipica facendo studi di associazione nella popolazione che presenta un tot di polimorfismi per un locus di un dato gene coinvolto nella malattia e poi ha fatto l'es. reale con il test di associazione sul genoma completo. Sotto vi allego il testo (un pò lungo ma discorsivo). Quello che non ho capito è:
come è possibile fare delle sonde per trattidi DNA che riconoscono i vari polimorfismi? cioè se noi non conosciamo gli alleli coinvolti, come sappiamo che sonde costruire, cioè come sappiamo che il polimorfismo deve essere ad es. una G in 4° posizione per ibridizzarsi o meno con un frammento di DNA di un genoma di un individuo che tra l'altro potrebbe non averlo? A parte che se si fanno studi su una popolazione intuisco che sia un lavoro inumano (a meno che non faccia tutto il cmputer... (badate che ho fatto poco laboratorio e sono alla triennale di biologia per cui perdonate la mia ignoranza in questo campo).
Vi riassumo i miei appunti...vi allego anche l'immagine mostrata nell'es.
P.s. se avete voglia e possibilità rispondete. Grazie in anticipo a tutti....
"Viene fatto su grandi numeri: ad esempio si prendono 10.000 pazienti con una certa caratteristica di interesse (es. una malattia) e si confrontano con 10.000 pazienti sani. Per cui si fa un’analisi di associazione per la malattia che ci interessa (es. l’ipertensione arteriosa). Nello schema l’intero genoma è suddiviso in 200.000 tratti, cioè si sviluppano delle sonde di DNA che riconoscono delle differenze genetiche fra un individuo e un altro (sono costruite in vitro). La sonda deve includere una posizione di questo tratto di DNA che sia polimorfica. Possiamo elaborare un numero di sonde elevato per tanti tratti del genoma in modo da coprirlo tutto e definiscono 200.000 polimorfismi differenti. Ci sono più varianti che geni (che sono circa 25.000), poiché ci sono tante varianti che non stanno solo dentro al gene (nell’introne o nell’esone) ma anche in vicinanza ad esso. Questi polimorfismi, poiché stanno in vicinanza al gene, vengono ereditati insieme, a maggior ragione se stanno dentro al gene. Mediante dei chip di DNA possiamo ibridizzare le 200.000 sonde al DNA dei nostri individui in studio. Quindi avremo 10.000 chip, pari al numero di individui studiati, ciascuno con 200.000 sonde e ci chiediamo quali di queste sonde, nella loro varietà (per basi azotate), ibridizzano o meno il DNA chip. In altre parole, valutiamo il genotipo di 10.000 individui diversi con la malattia e di 10.000 individui di controllo (non malati), contemporaneamente per i 200.000 loci di-allelici, marcati nelle differenze polimorfiche. Quindi avremo, per es. la variante in posizione 100.000, che nella popolazione generale ha frequenza 82% base C e 18% base T. Quindi, un allele polimorfico può essere più frequente negli individui con quel dato fenotipo.
Quindi un polimorfismo è una “targa" che marca quella particolare variante di gene. Quindi, ad es., la variante del gene che fa diventare più alti, si trova vicino al polimorfismo A della sonda n°57.000 e non si trova in vicinanza del polimorfismo C della sonda n°57.000 di un altro individuo, perché geneticamente ogni individuo è diverso dall’altro. "
Immagine:
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Se ti tramuti in qualcosa di più di un semplice uomo, se consacri te stesso a un ideale e se nessuno riesce a fermarti allora diventerai una leggenda! |
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netbridge85
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
79 Messaggi |
Inserito il - 25 marzo 2010 : 15:15:56
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| Forse i polimorfismi vengono trovati prima? analizzando i genomi di tutti gli individui (mediante pc) e poi vengono costruite le sonde per i tratti con i polimorfismi? |
Se ti tramuti in qualcosa di più di un semplice uomo, se consacri te stesso a un ideale e se nessuno riesce a fermarti allora diventerai una leggenda! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 25 marzo 2010 : 20:55:31
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Si i polimorfismi sono noti prima!
Si capisce anche da questa frase:
Citazione:
Quindi avremo, per es. la variante in posizione 100.000, che nella popolazione generale ha frequenza 82% base C e 18% base T.
se sai le frequenze è ovvio che i polimorfismi li conosci.
Inoltre quello che stai facendo è un'analisi di associazione, come detto all'inizio:
Citazione:
ad esempio si prendono 10.000 pazienti con una certa caratteristica di interesse (es. una malattia) e si confrontano con 10.000 pazienti sani. Per cui si fa un’analisi di associazione per la malattia che ci interessa (es. l’ipertensione arteriosa).
hai individui con una certa malattia e la tua domanda è: "da quale mutazione/polimorfismo, in che gene, può essere causata?"
Quindi analizzi i vari polimorfismi presenti (noti!) in malati e sani e vedi quali sono associati con la malattia.
Facendo un esempio ridotto solo per spiegartelo:
hai 10 pazienti e 10 sani
conosci 3 polimorfismi:
- 1 A/C
- 2 G/C
- 3 T/G
vai a vedere nei tuoi campioni che polimorfismi ci sono
1-A 1-C 2-G 2-C 3-T 3-G
Malati 9 1 4 6 3 7
Sani 1 9 6 4 5 5
verosimilmente la malattia è associata con il polimorfismo 1, quelli con la A risultano malati.
Citazione:
A parte che se si fanno studi su una popolazione intuisco che sia un lavoro inumano (a meno che non faccia tutto il cmputer...
si ovviamente l'analisi è fatta tramite PC, hai dei chip su cui ci sono le sonde e i dati vengono analizzati dal PC.
Altrimenti credo che una persona potrebbe fare solo quello in tutta la sua vita e probabilmente neanche portarlo a termine!  |
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netbridge85
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
79 Messaggi |
Inserito il - 26 marzo 2010 : 14:47:49
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Adesso mi è più chiaro il concetto, anche facendo riferimento alla tua precedente risposta. grazie 1000.
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Più o meno, ma detto così non mi sembra precisissimo.
L'analisi di linkage serve per trovare l'associazione tra un marcatore (noto) e un locus malattia (non noto), quindi si va a vedere l'associazione tra il marcatore noto e la malattia presumendo che il marcatore sia vicino al "gene malattia" e quindi segreghi assieme ad esso.
È una analisi meno fine in quanto prende in considerazione una regione più vasta di DNA, vai a vedere il marcatore associato al "gene malattia", non il gene direttamente.
L'analisi di associazione invece analizza direttamente un gene noto e di questo si va a vedere i vari alleli se sono più o meno associati con la malattia.
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Se ti tramuti in qualcosa di più di un semplice uomo, se consacri te stesso a un ideale e se nessuno riesce a fermarti allora diventerai una leggenda! |
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analisi di associazione vs analisi di linkage
