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DARIO BUONOMO
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18 Messaggi |
 Inserito il - 04 novembre 2008 : 17:56:56
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CIAO A TUTTI VOLEVO CHIEDERE DI PRECISO COSA è IL COT E IL ROT. NON CI HO CAPITO NULLA GRAZIE A TUTTI
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Transposone
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Prov.: Bologna
Città: Bologna
14 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2008 : 00:34:14
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Dove ha trovato o visto questi abbreviature??? Goggle come primo resultato di ricerca per parole chiave come cot molecolare da un link sul proprio questo discussione!!!
pero con parole come cot molecular o trovato che questo qualsiasi attivatore con molecule abbastanza grandi e aromati... duncue io penso che sono coenzimi |
Erà uno nucleotid all'inizio... |
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SignorGolgi
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21 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2008 : 04:44:25
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Penso che tu per Cot e Rot intenda:
Co (concentrazione del DNA al tempo zero) x t (tempo)
Ro (concentrazione dell RNA al tempo zero) x t (tempo)
si parla di Cot e di Rot negli esperimenti di riassociazione del DNA o dell RNA.In una curva di cinetica di riassociazione sull'asse delle y hai la "% di riassociazione" mentre sull'asse delle x hai "prodotto della concentrazione per il tempo".Il prodotto della concentrazione per il tempo è Cot (per il DNA) e ad elevati valori di Cot si ha una riassociazione completa;cioè per avere una corretta ibridazione si usano concentrazioni dell'acido nucleico e tempo in eccesso (in questo modo l'efficienza dell'ibridazione dipende solo dalla temperatura).Per Cot 1/2 si intende quel valore di Cot a cui corrisponde una rinaturazione del 50% del DNA. |
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DARIO BUONOMO
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18 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2008 : 11:32:13
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SI INTENDEVO PROPRIO LA RIASSOCIAZIONE mRNA E DNA, PERò NN HO CAPITO UNA COSA IL PROF CI HA DETTO CHE è COME SE SI FORMASSERO 3 CURVINE NEL SENSO CHE LE SEQUENZE PRESENTI IN MIGLIAIA DI COPIE SI RIASSOCIANO VELOCEMENTE, QUELLE CON MINOR COPIE A VELOCITà INTEMEDIA E QUELLE A SINGOLA COPIA PIù LENTAMENTE MA COME è POSSIBILE? GRAZIE CIAO  |
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SignorGolgi
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21 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2008 : 14:53:15
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| Per un fattore puramente probabilistico...le sequenza presenti in migliaia di copie sono tante e per un fattore probabilistico hanno più probabilità di incontrare il proprio filamento complementare (anch esso presente in migliaia di copie dato che stiamo effettuando un esperimento di riassociazione;quindi i due filamenti sono in quantità uguali) rispetto alle sequenze a singola copia.Le sequenze a singola copia riassociano più lentamente proprio perchè (detto in modo volgare) ci mettono più tempo a trovare la propria UNICA sequenza complementare.Di intuito arrivi perciò anche alla conclusione che le sequenze con un numero di copie non esagerato e non singolo si riassociano con una velocità intermedia ai due estremi. |
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DARIO BUONOMO
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2008 : 18:01:21
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| ho capito ciò che intendi dire.. grazie davvero mi sei stato di grande aiuto, volevo solo chiederti un'ultima cosa i lprof nel spiegare il cot ha detto che nella prima frazione che è quella di sequenze altamente ripetitive ha detto che i geni nn ci sono e che la complessità genetica aumenta conil contenuto della frazxione nn ripetitiva in che senso? |
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SignorGolgi
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2008 : 19:07:25
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| si nel senso che le prime sequenze a riassociare sono le sequenze ripetute..quindi si riassociano tante sequenze ma tutte uguali (stesse copie)...poi piano piano riassociano tutte le varie sequenze in proporzione alla loro quantità nel genoma...alla fine riassociano le sequenze in singola copia (il gene x in singola copia si riassocia..il gene y in singola copia si riassocia etcc)..noti che al tempo zero riassociano le stesse sequenze (tante ma tutte uguali) mentre verso la fine dell'esperimento riassociano tanti tipi diversi di sequenze!è cambiata cioè la complessità genetica (da pochi tipi diversi di sequenze passi a molti tipi diversi di sequenze). |
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viodice88
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Prov.: Napoli
Città: casandrino
41 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2009 : 11:25:28
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signorGolgi mi permetto di darti del tu..ti vedo molto preparata, avrei una domanda da sottoporti, sono abbastanza in confusione. allora il cot può essermi utile nel definire la complessità genomica giusto? e la complessità genomica è data dal numero di sequenze uniche che si trovano appunto in quel genoma. ora mi sembra che il genoma umano sia abbastanza complesso, ma mi sembra di sapere che è ricchissimo di sequenze ripetute..puoi aiutarmi a risolvere questo dubbio atroce?? quindi..come fa ad essere complesso e ricco di sequenze ripetute contemporaneamente?
N.B. ovviamente la domanda è rivolta anche a tutti gli altri
grazie mille a tutti..attendo le vostre risposte!! :) |
violetta iodice |
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peppe49
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Prov.: napoli
25 Messaggi |
Inserito il - 09 luglio 2009 : 20:29:40
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io sapevo che..le sequenze uniche si riassociano più velocemente di quelle altamente ripetute, tanto e vero che hanno un Cot1/2 nell'ordine delle 10^-3 , mentre la componente lenta, sequenze altamente ripetute hanno Cot1/2 che raggiungono anche i valori di 10^8.
per quanto riguarda il "paradosso della complessità" penso sia dovuto al fatto che il numero di geni diminuisca all'aumentare della complessità nell'ambito di una regione simile, cioè se in una regione di genoma di E.coli ci sono 57 geni, in una regione simile in H.sapiens (l'uomo) ci sono solo 2 geni; poi c'è anche la questione che in eucarioti i geni sono policistronici.
correggetemi se sbaglio
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viodice88
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Prov.: Napoli
Città: casandrino
41 Messaggi |
Inserito il - 10 luglio 2009 : 11:50:28
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| io invece credevo di sapere che le sequenze altamente ripetute si riassociano molto più velocemente, perchè è più alta la probabilità che esse si ritrovino in un mare di segmenti nucleotidici, proprio perchè essendo ripetute vi sono più copie. |
violetta iodice |
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peppe49
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Prov.: napoli
25 Messaggi |
Inserito il - 10 luglio 2009 : 12:37:38
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in un mare di persone riusciresti a trovare la tua gemella? come trovare un ago in un pagliaio.
le sequenze uniche si riassociano più velocemente perchè unica è la complementarietà con tra i due filamenti, le altamente ripetitive e le mediamente ripetitive riassociano più tardi a causa della moltitudine e della diversa complementarietà, quindi per ritrovarsi ci impiegano più tempo. |
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viodice88
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: casandrino
41 Messaggi |
Inserito il - 12 luglio 2009 : 18:03:03
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| e come mai la presenza di queeste sequenze ripetute rende il genoma più complesso? ho parecchia confusione su questo argomento. |
violetta iodice |
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SignorGolgi
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21 Messaggi |
Inserito il - 12 luglio 2009 : 23:31:25
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Sbagliato peppe49..prova a pensare di andare in una discoteca e tu (un filamento) devi trovare in mezzo a tante persone l'anima gemella (filamento complementare)...Se per anima gemella ti basta trovare una ragazza coi capelli mori (unica caratteristica che cerchi) appena entrato nel locale avrai trovato la tua anima gemella!!La trovi perchè cerchi una sequenza (ragazza con la caratteristica dai capelli mori) presente in altissimo numero..e la PROBABILITà D'INCONTRO di due sequenze complementari (di sequenze ripetute) è molto alta.
Se invece tu (filamento di una sequenza unica) cerchi una ragazza mora,occhi azzurri,naso francese,alta,magra e simpatica (il complementare di una sequenza unica) dovrai girare ed impiegare più tempo nel locale!Quindi la probabilità di incontro di due sequenze complementari (di sequenze uniche) è molto bassa!
I valori di Cot (ricorda che Cot è ilprodotto fra una concentrazione e il tempo!!non una velocità) da te scritti,sono letti in maniera sbagliata...10-3 è un tempo più grande di 10-8..quindi se la sequenze uniche impiegano 10-3 s a riassociare al 50% significa che sno più lente di quelle ripetitive che impiegano 10-8.ecco quindi chiarito il dubbio.
ORA LEGGI BENE IL CONCETTO RIGUARDANTE LA COMPLESSITà:
Più un genoma è complesso,meno copie ci saranno di una certa sequenza (supponiamo tutto il genoma allora) in una certa massa di DNA...cioè se io ho 12*10-9 grammi di DNA batterico (per esempio un Coli),in questi grammi avrò 3000 copie del genoma del germe (dato che un genoma del germe pesa 0,004*10-9 grammi)..mentre se ho 12*10-9 grammi di DNA eucariotico (di un eucariote che ha un genoma del peso di 3*10-9 grammi) avrò solo 4 copie del genoma dell'eucariote.
Quindi facendo una considerazione globale (CIOè TUTTO IL GENOMA) l'eucariote ha una complessità genomica maggiore di quella del procariote.
Poi bisogna stare attenti a un'altra cosa..cioè a non confondere la complessità genomica con complessità dell'organismo..altri dubbi o è abbastanza chiaro? |
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peppe49
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Prov.: napoli
25 Messaggi |
Inserito il - 13 luglio 2009 : 03:05:11
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purtroppo non frequento le discoteche, ma ho capito il concetto.
però penso di conoscere bene le unità di grandezza, infatti era un 10^8 non un 10^-8, così come sò che la concentrazione in relazione al tempo non è una velocità, anche se è un valore coinvolto nella "cinetica di rinaturazione".
in ogni caso è imperdonabile l'errore da me commesso, ma non ne vale una polemica, basta chiarire per permettere agli altri utenti, in particolare a viodice88, a cui porgo le mie scuse, di non confondersi le idee come me e spero che per loro, me compreso, sia molto più chiaro ora.
siamo tutti studenti, o lo siamo stati, molte persone che rispondono ai dubbi degli utenti saranno dei lavoratori che trattano questa materia e spenderano del tempo per questo forum; penso che il forum serva come incremento allo studio e come confroto di idee giuste o sbagliate che siano, basta saper ammetterlo.
ringrazio quindi per la correzione al mio errore e auguro a tutti un buon lavoro.
ciao |
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SignorGolgi
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 13 luglio 2009 : 15:27:00
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| peppe nn c'è assolutamente bisogno di scusarsi!come hai detto tu siamo qui per confrontarci e far due chiacchiere su argomenti comuni..! |
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peppe49
Nuovo Arrivato
Prov.: napoli
25 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2009 : 00:56:51
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bhè non penso che siano tanto comuni, forse per noi altri che studiamo la materia
(spero che tu non stia facendo dell'ironia)
ciao |
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SignorGolgi
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2009 : 15:27:13
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| comuni nel senso comuni a noi di questo sito. |
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sabalf
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Prov.: napoli
Città: napoli
24 Messaggi |
Inserito il - 26 febbraio 2010 : 11:46:48
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salve a tutti....solo ora mi sono imbattuto in questa discussione, e anche se serve a poco, vorrei dare la mia "spiegazione" del COT..... allora da quello che ho capito (lo stò appena studiando), il Cot è la concentrazione del Dna al tempo zero X il tempo che ci impiega a rinaturarsi. Allora in pratica il COT indica la comlessità del genoma, cioè la lunghezza delle sequenze uniche presenti nella molecola d'interesse (o tutto il genoma). Quanto più è alta la % di rinaturazione più sarà basso il COT. Infatti le sequenze altamente ripetute (che possono essere ripetute in tandem o intersperse nel genoma)avrannò una % di rinaturazione elevata ma una complessità genomica (COT) bassa, e viceversa le seuqenze uniche avranno una %di rinaturazione bassissima ma una complessità genomica elevata. Inoltre il COT risulta essere inversamente proporzionale alla densità genica. Cioè quanto più è denso il genoma, più bassa sarà la sua complessità. Infatti se andiamo a comparare (è un esempio) uno stesso tratto di dna (sequenza di 65 kb) in differenti organismi, possiamo notare che man mano che incontriamo organismi più complessi, diminuisce il numero di geni presenti in questa regione da noi presa in cosiderazione; ad es.
- in e. coli: 57 geni
- nell'uomo: 2 geni
I fattori che contribuiscono alla diminuzione della densità genica sono l'aumento delle dimensioni dei geni e l'aumento del numero delle sequenze intergeniche (che nei batteri sono pochissime, mentre nell'uomo costituiscono quasi il 50% del genoma).
Quindi tirando le somme quante più sequenze altamente ripetute sono presenti in un genoma più sarà alta la % di rinaturazione, più sarà alta la densità genica, ma piu sarà basso il COT (complessità del genoma).
Spero di aver in primis capito bene l'argomento e di essermi poi espresso in modo acettabile 
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Discussione |
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cot e rot
Didattica
