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tkiara
Nuovo Arrivato
30 Messaggi |
 Inserito il - 14 novembre 2008 : 17:48:19
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ciao a tutti, qualcuno mi sa dire quali differenze ci sono tra il gene reporter GFP e il marcatore bidirezionale GalK?Ho letto che GFP è utile solo per una controselezione(screening di placca) mentre GalK serve sia per una selezione positiva che negativa, ma non so se questa ipotesi è credibile... 
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 14 novembre 2008 : 18:12:58
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Premesso che non conosco GalK... puoi usare qualsiasi marcatore sia come marker positivo che negativo, dipende da come lo esprimi.
Ti faccio 2 esempi con GFP (ma può essere qualsiasi marker):
1) Vuoi fare un KO del gene X. Puoi fare un KO per ricombinazione omologa. Metti GFP tra 2 regioni fiancheggianti il tuo gene. Se hai ricombinazione avrai espressione di GFP e quindi KO del tuo gene (almeno su 1 allele).
2) Vuoi valutare l'efficienza di un siRNA. Esprimi il tuo gene di interesse fuso con GFP. Se hai espressione di GFP vuol dire che il tuo gene viene trascritto (e quindi il tuo siRNA non funziona). Se invece hai downregulation non avrai espressione di GFP. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 14 novembre 2008 : 20:13:54
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Così a naso senza fare ricerche, non è che in questo caso si intendeva la selezione su piastra.
GlaK è la Galactokinasi, un enzima per metabolizzare il galattosio, quindi è verosimile che batteri che hanno questo gene possano crescere su terreno con galattosio come unica fonte di zucchero, se non hanno il gene invece non crescono.
Per GFP crescono comunque tutti, ma devi vedere quali contengono GFP!
Poi cercando in internet sicuramente si trova di più sulla selezione con GalK!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 14 novembre 2008 : 22:48:26
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| Ah ok, se si tratta di un esperimento particolare dimentica quello che ho detto. Io parlavo in generale dell'utilizzo di GFP come marker. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 14 novembre 2008 : 23:05:28
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Mah? Io l'ho interpretata così, ma potrei anche sbagliare. Vediamo se tkiara ci può dire a cosa si riferiva esattamente!
Intanto ho trovato questo:
Simple and highly efficient BAC recombineering using galK selection
cito dall'articolo:
Citazione:
The galK gene product, galactokinase, catalyzes the first step in the galactose degradation pathway, phosphorylating galactose to galactose-1-phosphate. Galactokinase also efficiently catalyzes the phosphorylation of a galactose analog, 2-deoxy-galactose (DOG). The product of this reaction cannot be further metabolized, leading to a toxic build-up of 2-deoxy-galactose-1-phosphate (15). Thus, both positive and negative selection can be conferred by galK. Because galK is used for both selection steps, background following negative selection is reduced and no colony screening is necessary.
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tkiara
Nuovo Arrivato
30 Messaggi |
Inserito il - 16 novembre 2008 : 19:12:43
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| si l'articolo l'avevo già letto ma spiega solamente come si fa la selezione bidirezionale con galk...comunque grazie per le risposte! |
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